结论前置：怀孕职工若严重违反公司合法有效的规章制度，用人单位在遵循法定程序的前提下，有权解除劳动合同；但若只是轻微违规或公司制度存在瑕疵，则不能随意辞退。
一、法律依据与特殊保护
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度时，用人单位可以解除劳动合同。
- 同时，该法第四十二条也规定，女职工在孕期享有特殊的劳动保护，用人单位不得依据该法第四十条（非过失性辞退）和第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。但这并不意味着孕妇可以无视公司制度，严重违规时仍可能面临辞退。
特殊保护：
- 孕妇在孕期享有法律赋予的特殊保护，这是为了保障母婴健康和权益。然而，这种保护并非绝对，当孕妇的行为构成严重违规时，用人单位仍有权依法解除劳动合同。
二、辞退条件与程序要求
辞退条件：
- 规章制度必须合法有效，即通过民主程序制定并向劳动者公示。
- 规章制度中应明确界定严重违纪行为，如多次旷工、严重失职给公司造成重大损失等。
- 孕妇的违纪行为必须达到规章制度所规定的“严重”程度。
程序要求：
- 在辞退孕妇前，用人单位应提前通知工会，并听取其意见。
- 解除劳动合同时，应向劳动者说明理由，并以书面形式正式送达辞退决定。
三、法律后果与争议解决
法律后果：
- 若用人单位违法辞退孕妇，孕妇有权要求继续履行劳动合同或要求支付赔偿金。赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍，具体计算方式依据劳动者在本单位工作的年限来确定。例如，若孕妇在本单位工作满一年，则赔偿金为两个月工资；工作满两年，则为四个月工资，以此类推。
争议解决：
- 双方对辞退事宜存在争议时，可通过劳动仲裁等法律途径进行解决。仲裁机构或法院将依据相关法律法规和事实情况作出公正裁决。
四、综合分析与建议
对于用人单位：
- 在处理孕妇违反公司制度的问题时，应谨慎对待，确保决策的合理性和合法性。
- 审查公司规章制度的合法性和有效性，确保其经过民主程序制定并向劳动者公示。
- 客观评估孕妇的违纪行为是否构成“严重违反”，避免随意辞退。
- 在辞退过程中严格遵循法定程序和要求，确保透明度和合法性。
对于孕妇职工：
- 应自觉遵守公司制度，维护良好的劳动关系。
- 若认为辞退决定不当，可以依法主张继续履行合同，并要求用人单位赔偿因劳动合同解除日至恢复日之间的工资损失。
- 在面临辞退时，及时咨询专业律师，了解自己的权益和救济途径。
总结：怀孕职工在违反公司制度时，并非绝对不能被辞退。关键在于是否构成“严重违反”以及辞退程序是否合法。因此，用人单位在处理此类问题时，应确保决策的合法性和合理性；孕妇职工也应了解自己的权益和救济途径，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。