休年假没有全勤是否合法，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的具体约定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合法情形
规章制度与劳动合同明确规定：
- 如果公司依法制定的规章制度或与劳动者签订的劳动合同中明确规定，全勤奖的发放条件包括员工在一个考勤周期内无迟到、早退、旷工、请假（明确将年休假排除在外或视为不影响全勤的请假类型）等情形，并且该规章制度的制定程序合法（即经过民主程序制定，并已向劳动者公示），同时内容不违反法律法规的强制性规定，那么公司以员工休年假为由不发全勤奖，在规章制度或劳动合同有明确且合法规定的情况下，可能是合法的。但这种情况较为特殊，因为通常年休假被视为员工的法定权利，不应被视为影响全勤的因素。
公司自主管理权的合理行使：
- 在规章制度或劳动合同有明确且合法规定的前提下，公司按照既定规则不发放全勤奖，可以视为是在行使其自主管理权。然而，这种管理权的行使必须合理且合法，不能侵犯员工的合法权益。
不合法情形
无相关规定或规定不明确：
- 如果公司没有在规章制度或劳动合同中对全勤奖的发放条件作出明确规定，或者虽有规定但未明确将年休假纳入影响全勤奖发放的情形，那么员工依法休年假不应影响全勤奖的发放。因为年休假是劳动者依法享有的法定假期，根据《职工带薪年休假条例》，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，这自然包括了全勤奖的部分（如果全勤奖属于工资收入的一部分）。
规定违法或侵犯员工权益：
- 即使公司有相关规定，但如果该规定违反了法律法规的强制性规定，如排除了员工享受法定年休假的权利，或者变相降低了员工在年休假期间应得的待遇（包括全勤奖），这种规定也是无效的。公司不能以此为由不发全勤奖，否则将构成对劳动者合法权益的侵犯。
劳动者权益保护建议
- 了解公司规定：首先，员工应仔细查阅公司关于全勤和年假的具体规定，确保自己了解并遵守相关规定。
- 沟通协商：如果员工认为公司不发全勤奖的行为侵犯了自己的合法权益，可以尝试与公司进行沟通协商，要求公司说明理由并按照规定支付全勤奖。
- 投诉举报：如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
- 劳动仲裁：如果投诉举报未能解决问题，员工还可以申请劳动仲裁来进一步维护自己的权益。在劳动仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张，并依据相关法律法规进行申诉。
总结来说，休年假没有全勤是否合法，关键在于公司的规章制度和劳动合同中的具体约定。如果规定合法且明确，且未侵犯员工权益，则可能合法；如果规定不明确或违法，则不合法。员工在遇到此类问题时，应了解自己的权益和相关的法律法规，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。