没有违法事实的行政案件，行政机关应当依法作出不予处罚决定或撤销案件处理。具体分析如下：

1. 行政处罚层面
   根据《行政处罚法》第三十三条，若经调查确认当事人不存在违法行为，行政机关不得给予行政处罚，并应制作《不予行政处罚决定书》明确说明理由。例如，环保部门调查后发现企业排放达标，则不得以污染环境为由处罚。

2. 行政强制措施层面
   若案件涉及查封、扣押等强制措施，根据《行政强制法》第二十八条，行政机关应及时解除措施并返还财物。例如，市场监管局扣押的“问题商品”经检验合格后，需立即解除扣押并归还经营者。

3. 行政程序终结层面
   对于已立案但无违法事实的案件，行政机关应按《行政程序规定》终止调查并归档。例如，交警部门经调取监控确认当事人未闯红灯后，应终结案件处理流程。

特殊情形处理：

• 若案件涉及第三人举报，行政机关需向举报人书面说明不予处罚依据，避免引发行政复议；
  
• 若存在程序瑕疵（如超期立案），需同步制作《程序纠正通知书》确保程序合法性。
  

建议：当事人若收到《不予处罚决定书》，可要求行政机关出具书面调查证据；如认为程序违法，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。具体操作可进一步向我咨询。