结论：仲裁院在处理劳动争议时，若发现劳动合同中存在违法约定的条款，确实会考虑这些违法性对案件的影响，并可能据此作出相应的裁决，包括要求用人单位进行赔偿。但具体是否赔偿及赔偿金额，需依据违法条款的具体内容、对劳动者造成的实际损害等因素综合判断。

分析说明：

1. 违法条款的认定：

   • 劳动合同中的条款若违反了法律法规的强制性规定，如最低工资标准、工作时间、休息休假、社会保险等，这些条款将被视为无效。
   • 仲裁院在审理劳动争议时，会首先审查劳动合同中的各项条款，确认其是否合法有效。

2. 违法条款对赔偿的影响：

   • 若违法条款直接导致了劳动者的权益受损，如未支付加班费、未缴纳社会保险等，仲裁院通常会支持劳动者的赔偿请求。
   • 赔偿金额的计算将依据劳动者因违法条款所遭受的实际损失，以及相关法律法规的规定进行确定。例如，对于未支付加班费的情况，赔偿金额可能包括应支付的加班费及可能的滞纳金或赔偿金。

3. 仲裁院的裁决依据：

   • 仲裁院在裁决时，会依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》、《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，以及劳动合同中的合法有效条款，来作出公正合理的裁决。
   • 若劳动合同中的违法条款与劳动者的赔偿请求直接相关，且劳动者能够提供充分证据证明其因违法条款而遭受了损失，仲裁院通常会支持劳动者的赔偿请求。

特殊场景：

• 违法条款未造成实际损失：若劳动合同中的违法条款并未实际执行，或虽执行但未对劳动者造成实际损失，仲裁院可能不会支持劳动者的赔偿请求。但仲裁院仍会确认该违法条款的无效性，并可能要求用人单位进行整改。
• 违法条款与赔偿请求无直接关联：若劳动者的赔偿请求与劳动合同中的违法条款无直接关联，仲裁院将依据其他相关法律法规和证据来审理案件，并作出裁决。

行动建议：

• 劳动者：若发现劳动合同中存在违法条款，且这些条款已对自己造成了实际损失，应及时向仲裁院提起仲裁申请，并提供充分证据证明自己的损失情况。
• 用人单位：应严格遵守相关法律法规的规定，确保劳动合同中的各项条款合法有效。若发现已签订的劳动合同中存在违法条款，应及时进行整改，以避免可能的法律风险和赔偿责任。

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