针对同一单位同时存在违法占地和非法经营行为，需根据行为性质分别处理，并考虑行政处罚与刑事追责的衔接问题。具体分析如下：
违法占地的处理
- 行政处罚：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或骗取批准非法占用土地的，由县级以上自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并处罚款（按占地面积处每平方米100元至1000元标准）。
- 刑事追责：若占用基本农田5亩以上或基本农田以外耕地10亩以上，可能构成《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
非法经营的处理
- 行政处罚：依据《市场主体登记管理条例》第四十三条，未依法登记或超范围经营的，由登记机关责令改正、没收违法所得，并处1万元至10万元罚款（情节严重可吊销执照）。
- 刑事追责：若非法经营行为涉及国家专营专卖物品（如烟草、食盐）、限制买卖物品（如外汇），或扰乱市场秩序情节严重（如非法经营数额5万元以上或违法所得1万元以上），可能构成《刑法》第二百二十五条非法经营罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍至五倍罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍至五倍罚金或没收财产。
两行为并存的特殊处理
- 数罪并罚：若违法占地与非法经营行为分别构成犯罪（如非法占用农用地罪+非法经营罪），法院将依据《刑法》第六十九条对两罪并罚，总和刑期以下、数刑中最高刑期以上酌情决定执行刑期。
- 行政处罚与刑事追责衔接：根据《行政处罚法》第三十五条，违法行为构成犯罪的，行政机关应将案件移送司法机关，依法追究刑事责任；对依法不需要追究刑事责任或免予刑事处罚的，行政机关仍需给予行政处罚。例如，单位非法占地未达刑事标准但非法经营达刑事标准时，自然资源部门可对占地行为行政处罚，同时公安机关对经营行为刑事立案。
建议：单位应立即停止违法行为，委托律师评估两行为法律风险，主动与自然资源、市场监管等部门沟通，争取从轻处理（如补办用地手续、整改经营项目）。若已进入司法程序，需结合证据情况制定辩护策略（如主张非法经营数额未达标准、占地行为已整改等）。
如有进一步细节（如占地性质、经营内容、持续时间等），可直接向我咨询，我将结合具体情形提供针对性方案。