针对同一建设行为同时存在违法用地和违法建设的情况，需根据违法行为的性质、程度及法律后果，分别或合并采取行政处罚、行政强制措施，并可能涉及刑事责任追究，具体处理方式如下：

1. 违法用地与违法建设的法律定性

   • 违法用地：指未经批准或违反土地利用总体规划，擅自占用土地进行建设的行为，违反《土地管理法》第77条、第79条等规定，可能面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款等处罚。
     
   • 违法建设：指未取得建设工程规划许可证或违反规划条件进行建设的行为，违反《城乡规划法》第64条、第66条等规定，可能面临责令停止建设、限期改正、罚款、没收实物或违法收入、强制拆除等处罚。
     
   • 关联性：若同一建设行为同时触犯上述两部法律，可能构成“违法用地+违法建设”的复合违法，需分别适用两部法律进行处罚。

2. 处理原则：分别处罚与合并执行

   • 行政处罚的独立性：自然资源主管部门（原国土部门）和城乡规划主管部门可依据各自职责，分别对违法用地和违法建设行为作出行政处罚决定。例如，自然资源部门可责令退还土地并处罚款，规划部门可责令限期拆除或没收建筑物。
     
   • 处罚结果的合并执行：若两部门处罚内容不冲突（如罚款可叠加，但强制拆除仅需执行一次），则合并执行；若冲突（如一部门责令拆除，另一部门要求没收），需根据违法行为的主次、危害程度等协调处理，通常以更严厉的处罚为准。

3. 具体处理流程

   • 调查取证：两部门联合或分别调查，固定违法用地（如土地性质、面积、权属）和违法建设（如规划许可、建筑面积、结构）的证据。
     
   • 听证与告知：依法向当事人送达《行政处罚告知书》，告知其违法事实、处罚依据及权利，当事人可申请听证。
     
   • 处罚决定：分别作出《行政处罚决定书》，明确处罚内容（如罚款金额、拆除期限）及救济途径。
     
   • 强制执行：若当事人不履行处罚决定，两部门可申请法院强制执行（如拆除建筑物、退还土地）。

4. 特殊情形处理

   • 历史遗留问题：若违法建设发生在《城乡规划法》实施前，可能适用旧法（如《城市规划法》），处罚标准可能不同。
     
   • 公益项目：若涉及公共利益（如学校、医院），可能通过补办手续、罚款等方式“合法化”，但需严格符合规划调整程序。
     
   • 刑事责任：若违法用地涉及非法占用农用地（如基本农田），且达到刑事立案标准（如占用面积超5亩），可能构成《刑法》第342条“非法占用农用地罪”，需移送司法机关追究刑事责任。

建议：若您面临此类问题，需尽快委托律师介入，通过行政复议或诉讼争取减轻处罚（如从拆除改为罚款），或协调两部门统一处罚标准，避免重复处罚。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合证据为您制定应对方案。