政府持耕地租给开发商用于非农建设的协议是无效的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国土地管理法》：
- 第三十七条明确规定，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。这一条款直接否定了在耕地上进行非农业建设的合法性。耕地作为农用地，其使用应严格遵循农用地的管理规定，非经法定程序不得转为非农业建设用地。
- 第七十五条规定，对于违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的行为，将限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可能面临罚款等处罚。
《中华人民共和国民法典》：
- 第一百五十三条指出，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。因此，政府持耕地租给开发商用于非农建设的行为，由于违反了《土地管理法》的强制性规定，其签订的租赁合同自然无效。
二、合同无效的后果
- 无法获得法律保护：无效的合同自始没有法律约束力，双方基于该合同所享有的权利和承担的义务均不受法律保护。这意味着，如果因履行合同发生纠纷，当事人无法通过法律途径维护自己的权益。
- 面临行政处罚：根据《土地管理法》的规定，对于非法占用耕地进行非农业建设的行为，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令限期改正或治理，并可以处以罚款；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。政府作为出租方，若涉及此类违法行为，同样可能面临相应的行政处罚。
- 经济损失风险：由于合同无效，开发商可能面临已投入资金无法收回的风险，如建筑材料费用、施工费用等。同时，政府作为出租方也可能因提供违法用地而承担相应的法律责任和经济损失。
三、特殊情况与风险提示
- 特殊情况：若政府持有的耕地已经依法批准转为建设用地，并办理了相关手续，那么在此情况下，政府将土地出租给开发商用于非农建设可能是合法的。但这种情况需要严格的法律程序和审批手续，且必须确保土地用途的合法性。
- 风险提示：对于政府而言，在出租土地前应严格审查土地的性质和用途，确保租赁活动符合法律法规的要求。对于开发商而言，在签订租赁协议前应咨询专业律师或相关部门，确保协议的合法性和有效性，避免不必要的法律风险和经济损失。
四、建议与指导
- 政府在进行土地租赁时，应明确土地的性质和用途，确保租赁活动符合法律法规的要求。若需将耕地转为建设用地，必须依法申请土地用途转换审批，获得相关部门的批准后方可实施。
- 开发商在签订租赁协议前，应仔细审查协议内容，确保协议中的土地用途与法律法规相符。如有疑问或需要进一步的法律指导，可直接向我咨询。
综上所述，政府持耕地租给开发商用于非农建设的协议是无效的。双方应严格遵守土地利用总体规划及法律法规，避免非法建设行为带来的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。