关于农用地通过转用和征收程序后，农民与政府签订的租赁协议是否有效的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 协议有效性的一般原则：

   • 首先，任何协议的有效性都取决于其是否符合法律法规的规定，以及双方当事人的真实意愿表示。
   • 在农用地转用和征收的过程中，如果政府与农民之间签订了租赁协议，那么这份协议的有效性将受到相关法律法规的严格约束。

2. 农用地转用和征收的法律规定：

   • 农用地转用和征收必须遵循国家相关的土地管理法律法规，如《中华人民共和国土地管理法》等。
   • 这些法律法规对农用地的转用、征收程序以及后续的土地利用都有明确的规定。

3. 协议有效性的具体判断：

   • 如果农用地转用和征收程序合法，且政府与农民之间签订的租赁协议符合相关法律法规的规定，比如协议内容明确、双方意思表示真实、协议形式合法等，那么这份协议就是有效的。
   • 反之，如果农用地转用和征收程序存在违法情况，或者租赁协议本身存在瑕疵，如内容不明确、双方意思表示不真实、协议形式不合法等，那么这份协议的有效性就可能受到质疑。

4. 特殊情况的处理：

   • 在实际操作中，可能会遇到一些特殊情况，如政府未按照法定程序进行农用地转用和征收，或者农民在签订协议时受到欺诈或胁迫等。
   • 在这些情况下，农民可以依法主张协议无效，并寻求法律救济。

综上所述，农用地通过转用和征收程序后，农民与政府签订的租赁协议是否有效，取决于农用地转用和征收程序的合法性以及租赁协议本身是否符合相关法律法规的规定。如果程序和协议都合法，那么协议就是有效的；反之，则可能无效。因此，在签订协议前，建议农民充分了解相关法律法规和政策，确保自己的合法权益得到保障。如果有任何疑问或问题，可以直接向我咨询。