结论前置：民事诉讼中法院不认可劳动关系的情况下，能否补交职工保险需分情况讨论，具体如下：

1. 若劳动关系未被法院认可，但存在事实劳动关系
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位需自用工之日起30日内为员工办理社保登记。若法院虽未认定书面劳动合同，但通过工资支付记录、考勤记录、工作证等证据能证明存在事实劳动关系（如《关于确立劳动关系有关事项的通知》第二条列举的证据），则用人单位仍需补缴社保。此时可向社保部门申请补缴，若单位拒绝，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁确认劳动关系后强制补缴。

2. 若劳动关系完全被法院否定（如认定为劳务关系、承揽关系等）
   若法院通过证据认定双方不存在劳动关系（例如：劳动者以个人名义提供服务、报酬按次结算、工作自主性强等），则无法通过职工社保渠道补缴。此时可考虑以下替代方案：

   • 灵活就业人员参保：若符合当地政策（如户籍或居住证要求），可自行以灵活就业身份缴纳养老保险、医疗保险；
     
   • 商业保险补充：通过购买商业医疗险、意外险等降低风险；
     
   • 协商或诉讼补偿：若因单位误导未参保导致损失（如医疗费、工伤赔偿），可依据《民法典》侵权责任篇要求单位赔偿实际损失。

3. 特殊情形：法院未认定劳动关系但存在代缴可能
   部分地区允许通过第三方人力资源公司代缴社保，但需满足以下条件：

   • 劳动者与代缴公司签订书面协议；
     
   • 代缴公司具备合法资质；
     
   • 费用由劳动者全额承担（含单位应缴部分）。
     注意：此方式存在法律风险（如社保部门可能以“虚构劳动关系”为由拒绝或追缴），需谨慎选择。

行动建议：

1. 整理工资流水、工作证、同事证言等证据，向社保部门申请补缴；
   
2. 若单位拒绝，可持法院判决书、劳动关系证据向劳动监察大队投诉；
   
3. 对判决结果有异议的，可在15日内上诉或申请再审，争取通过司法程序确认劳动关系。
   

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我提供材料，我将结合具体情形为您制定解决方案。