针对您二十年前因学校程序违法导致档案记载自动离职，进而影响退休时三年视同工龄认定的问题，这是一个涉及历史遗留问题和政策解读的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、政策背景与解读
首先，我们需要了解视同工龄的认定通常与个人的工作经历、档案记录以及相关政策规定紧密相关。视同工龄是指在特定历史时期或特定条件下，未实际缴纳养老保险但按国家规定可视为已缴纳的工龄。然而，若档案中明确记载了自动离职等不利信息，这可能会影响到视同工龄的认定。
根据您提供的情况，学校程序违法导致档案记载自动离职，这本身是一个不公正的记录。但关键在于，这一记录是否已被相关部门采纳，并作为了退休审批的依据。如果确实如此，那么您需要采取措施来纠正这一不公正的记录。
二、解决步骤与建议
核实档案记录：
- 首先，您需要获取自己的完整人事档案，仔细核查其中关于离职的记录。确认记录是否准确，是否存在因学校程序违法而导致的错误记载。
收集证据材料：
- 收集所有能够证明您离职并非自动离职，而是由于学校程序违法导致的证据材料。这可能包括学校的相关文件、通知、证人证言等。
与相关部门沟通：
- 携带您的档案和证据材料，与当地的人力社保部门或退休审批机构进行沟通。向他们说明情况，提供证据，请求他们重新审视您的退休审批决定。
申请行政复议或行政诉讼：
- 如果与相关部门的沟通未能达到预期效果，您可以考虑申请行政复议或提起行政诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益，要求相关部门纠正错误的退休审批决定。
- 在此过程中，您可以参考类似案例，如重庆北碚区的“碚复调”以调促纠机制，该机制通过调解和行政机关自行纠错的方式，成功解决了多起类似争议。虽然具体机制可能因地区而异，但您可以借鉴其思路，积极寻求调解或纠错的机会。
咨询专业律师或法律机构：
- 如果您对法律程序不熟悉或感到困惑，建议咨询专业律师或法律机构。他们可以提供专业的法律意见和帮助，指导您如何更有效地维护自己的权益。
三、注意事项
- 保持耐心和冷静：解决这类历史遗留问题可能需要一定的时间和耐心。请保持冷静，不要急于求成。
- 积极配合相关部门：在与相关部门沟通或申请行政复议、行政诉讼时，请积极配合他们的工作，提供必要的证据材料和信息。
- 关注政策动态：政策环境可能会随着时间的推移而发生变化。请关注相关政策的动态，以便及时调整自己的策略。
综上所述，针对您因学校程序违法导致档案记载自动离职而影响退休时三年视同工龄认定的问题，建议您通过核实档案记录、收集证据材料、与相关部门沟通、申请行政复议或行政诉讼以及咨询专业律师等步骤来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。