针对您提出的“在办理退休时，事业单位人员档案有自动离职记载该如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，事业单位人员自动离职后的档案处理是一个需要严格遵循规定和程序的过程，这关乎到您档案的完整性、真实性和有效性，进而影响到您未来的退休办理及其他相关权益。
一、档案去向的确认
原单位保管情况：
- 自动离职后，您的档案可能会在原事业单位暂时保管一段时间，期间档案会处于封存状态。您需要主动与原单位的人事部门联系，确认档案是否仍在原单位，以及保管的具体期限。
档案转递情况：
- 如果您已经找到了新的工作单位，并且新单位具备档案管理权限，那么您的档案可能会直接转交到新单位。
- 如果您暂未找到新工作，或者新单位没有档案管理权限，那么您的档案可能会转至您户籍所在地的人才交流服务机构，或者您工作地的人才市场。
二、处理办法与步骤
获取离职证明：
- 您需要向原单位申请出具《解除（终止）劳动合同证明书》，这份证明书会明确记载您的入职时间、工作岗位、工作年限，以及解除或终止劳动合同的具体时间和原因。这是处理档案的重要依据。
了解档案现状：
- 通过与原单位人事部门的沟通，了解您的档案目前处于什么状态，是否已经转递，以及转递到了哪个机构。
办理档案转移：
- 如果您的新单位具备档案管理权限，您需要持新单位开具的调档函到原单位办理档案转移手续。
- 如果您暂无工作或新单位无档案管理权限，您需要持人才交流服务机构开具的调档函到原单位办理档案转出手续，并将档案转移至该机构。
完善档案材料：
- 自动离职可能导致您的档案中缺少一些必要材料，如离职证明、工作鉴定等。您需要及时与原单位沟通，补充这些材料，确保档案内容的完整性。
遵循档案管理规定：
- 在处理档案的过程中，您必须严格遵守档案管理的相关规定。档案属于机密文件，必须通过正规渠道进行转移和保管，严禁私自拆封、涂改。违反规定可能导致档案失效，给您带来不必要的麻烦。
三、特别提示
- 档案的重要性：档案是您个人重要的证明材料，对于您未来的求职、升学、社保办理以及退休等都具有关键作用。因此，您必须高度重视档案的处理情况。
- 及时沟通衔接：自动离职后，您务必及时与原单位和新单位（或人才交流服务机构）进行沟通衔接，确保档案的顺利转交和保管。
- 寻求法律援助：如果您在处理档案的过程中遇到任何问题，如档案丢失或处理不当等，您应及时寻求法律援助或向相关部门投诉维权，以保障自己的合法权益。
综上所述，处理事业单位人员自动离职后的档案是一个涉及多个环节和部门的复杂过程。但只要您按照相关规定和程序进行操作，积极与原单位和新单位（或人才交流服务机构）进行沟通衔接，就可以确保档案的顺利转交和保管，从而为您未来的退休办理及其他相关事宜提供有力保障。