结论：原告以买卖合同提起诉，法院却以合同纠纷作出判决，这种做法通常是合法的。以下从多个角度进行分析说明：

一、案由的确定与调整

在民事诉讼中，案由的确定对于案件的审理和判决具有重要意义。案由通常是根据当事人主张的法律关系性质来确定的。在买卖合同纠纷中，原告可能会以“买卖合同纠纷”作为案由提起诉讼。然而，法院在审理过程中，如果发现原告主张的法律关系性质与实际不符，或者案件涉及的法律关系更为复杂，法院有权根据实际情况对案由进行调整。

法律依据：根据《最高人民法院关于印发修改后的<民事案件案由规定>的通知》的规定，案由的确定应当依据当事人主张的民事法律关系的性质来确定。同时，同一诉讼中涉及两个以上的法律关系的，应当依当事人诉争的法律关系的性质确定案由，均为诉争法律关系的，则按诉争的两个以上法律关系确定并列的两个案由。

分析：在买卖合同纠纷中，如果法院认为案件不仅涉及买卖合同关系，还涉及其他法律关系，或者原告主张的买卖合同关系与实际不符，法院可能会将案由调整为更为宽泛的“合同纠纷”。这种调整是合法的，也是为了更准确地反映案件的法律关系性质，确保案件的公正审理。

二、合同纠纷与买卖合同纠纷的关系

合同纠纷是一个更为宽泛的概念，它包括了各种类型的合同纠纷，如买卖合同纠纷、租赁合同纠纷、借款合同纠纷等。买卖合同纠纷则是合同纠纷的一种具体类型。

分析：当法院以“合同纠纷”作出判决时，并不意味着法院否定了原告主张的买卖合同关系。而是法院认为，从更宽泛的角度来看，案件涉及的是合同关系，而不仅仅是买卖合同关系。这种判决方式并不违反法律规定，也不会影响原告的合法权益。

三、法院判决的合法性

法院在审理案件时，必须遵循法律规定，确保判决的合法性和公正性。在案由的确定和调整方面，法院有权根据实际情况进行判断和决定。

分析：只要法院在判决过程中遵循了法律规定，确保了当事人的诉讼权利，那么法院以“合同纠纷”作出判决就是合法的。原告如果对判决结果有异议，可以通过上诉等法律途径来维护自己的合法权益。

四、对原告的建议

如果原告对法院以“合同纠纷”作出判决有异议，建议原告首先仔细阅读判决书，了解法院判决的理由和依据。如果认为法院判决存在错误或不当之处，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。

总结：原告以买卖合同提起诉，法院却以合同纠纷作出判决，这种做法通常是合法的。法院有权根据实际情况对案由进行调整，以确保案件的公正审理。如果原告对判决结果有异议，可以通过法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。