在合同纠纷案中，若原告的合同本身存在问题，法院的判决会综合多方面因素来考量，以下是几种常见情况及对应的判决方向：

1. 合同效力问题

   • 若合同存在无效情形：根据《民法典》相关规定，如果合同存在违反法律、行政法规的强制性规定、违背公序良俗、行为人与相对人恶意串通损害他人合法权益等无效情形，法院会判定该合同无效。合同无效后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。例如，双方签订了一份走私文物的合同，这明显违反了法律的强制性规定，法院会判定合同无效，双方根据过错程度承担相应责任。
   • 若合同存在可撤销情形：如果合同存在因重大误解订立、在订立合同时显失公平、一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立等可撤销情形，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。如果原告在知道撤销事由之日起一年内没有行使撤销权，或者明确表示或者以自己的行为表明放弃撤销权，那么撤销权消灭，合同继续有效，法院会按照有效合同来审理纠纷。比如，原告在签订合同时对合同标的存在重大误解，但在知道误解后一年内未申请撤销，之后又以合同存在问题为由起诉，法院可能不会支持其撤销合同的主张，而是按照有效合同处理。

2. 合同条款问题

   • 条款不明确或存在歧义：如果合同中的某些条款约定不明确或者存在多种解释，导致双方对合同内容理解不一致，法院会根据《民法典》相关规定，结合合同的性质、目的、交易习惯以及诚信原则等，确定该条款的真实意思。如果无法确定真实意思，且该条款涉及合同主要内容的，可能会影响合同的履行，甚至导致合同部分无效或整体无效。例如，合同中约定“甲方在一定期限内交付货物，但未明确交付的具体时间”，双方对此产生争议，法院会根据行业交易习惯等因素来确定合理的交付时间。
   • 条款违反公平原则：如果合同中的某些条款显失公平，例如一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。法院在审理时会综合考虑合同订立时的各种因素，判断是否存在显失公平的情况。比如，一方以极低的价格购买另一方因急需资金而被迫出售的房产，且价格明显低于市场价值，可能构成显失公平，受损害方可以请求撤销该条款或整个合同。

3. 原告履行合同问题

   • 原告未履行或未完全履行合同义务：即使合同本身存在问题，但如果原告作为合同一方未按照合同约定履行自己的义务，法院会根据实际情况判断原告是否存在违约行为以及违约的程度。如果原告存在违约行为，被告有权要求原告承担违约责任，如继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。例如，原告与被告签订了一份买卖合同，原告未按约定时间交付货物，即使合同中某些条款存在问题，原告仍需对其违约行为承担相应责任。
   • 原告履行合同存在瑕疵：如果原告履行合同存在瑕疵，即履行不符合合同约定的质量、数量等要求，被告可以要求原告承担修理、重作、更换、退货、减少价款或者报酬等违约责任。法院会根据合同约定、实际履行情况以及行业标准等因素来判断原告的履行是否存在瑕疵以及瑕疵的程度，并确定相应的责任承担方式。

总结：在合同纠纷案中，原告合同存在问题时法院的判决结果取决于合同的效力、条款情况以及原告的履行情况等多方面因素。如果你正面临合同纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律分析和解决方案。