结论：在施工许可证尚未下发的情况下就签订施工合同并预付工程款，决算审计时可能会面临合同效力认定、工程款支付及调整、行政处罚与责任追究等多方面的问题。以下是对这些问题的详细分析：
一、合同效力认定
合同可能无效：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关法律法规，施工许可证是建设工程合法施工的前提条件。未取得施工许可证擅自施工的，可能面临行政处罚，同时，以此为基础签订的施工合同也可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
- 若合同被认定为无效，则合同中关于工程款支付、工期、质量等条款均可能失去法律效力，双方需根据过错程度承担相应的责任。
合同效力补正：
- 如果在决算审计前，施工许可证已经补办完成，且合同内容本身不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么合同可能被认定为有效。此时，决算审计将按照合同约定的条款进行。
二、工程款支付及调整
预付工程款的处理：
- 如果合同被认定为无效，预付的工程款可能需要根据双方的过错程度进行返还或调整。例如，如果发包方明知未取得施工许可证而仍要求施工，可能需承担更大的过错责任。
- 如果合同有效，但因未取得施工许可证导致工期延误或成本增加，双方可能需要根据合同约定或实际情况协商调整工程款。
决算审计的依据：
- 决算审计将依据实际完成的工程量、合同约定的单价及调整条款、相关法律法规及行业标准等进行。如果合同无效，审计将可能更多地依据实际成本、合理利润及行业惯例等来确定工程款。
三、行政处罚与责任追究
行政处罚：
- 未取得施工许可证擅自施工的，根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，由县级以上人民政府建设行政主管部门责令改正，对不符合开工条件的要责令停止施工，可以处以罚款。
- 罚款的数额将根据违法情节的严重程度、工程规模、造成的后果等因素确定。
责任追究：
- 除了行政处罚外，如果因未取得施工许可证擅自施工导致安全事故、质量事故等严重后果的，相关责任单位和个人还可能面临刑事责任追究。
- 同时，发包方和承包方也可能因违反合同约定或法律法规而承担民事赔偿责任。
四、建议与措施
尽快补办施工许可证：
- 在决算审计前，应尽快补办施工许可证，以避免合同被认定为无效的风险，并确保工程的合法性和合规性。
协商调整合同条款：
- 如果因未取得施工许可证导致工期延误或成本增加，双方应积极协商调整合同条款，以明确各自的责任和权益。
寻求专业法律帮助：
- 在处理此类复杂问题时，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。
作为孙涛律师，我专注于建设工程、合同纠纷等领域，如果你有任何相关法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。