关于租房发票与房东达成协议开票的钱退给租户是否违法的问题，结论是：这种行为本身并不直接构成违法，但具体是否合法需结合实际情况和双方协议内容来判断。以下从不同角度进行分析：
税务合规性角度：
- 房东作为出租方，有义务按照税法规定开具正规发票，并缴纳相应的税费。如果房东在开具发票时，将原本应由其承担的税费部分或全部转嫁给租户，并在协议中明确约定由租户承担这部分费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种行为在税务上是可以接受的。但关键在于，房东必须确保所开具的发票真实、合法，且税费计算准确无误。
- 如果房东通过虚假开具发票、少报租金等方式来逃避税费，或者将开票费用以不合理的形式转嫁给租户（如远高于实际税费），则可能涉嫌偷税漏税或欺诈行为，这是违法的。
合同协议角度：
- 双方达成的协议是民事法律行为，只要协议内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，且双方意思表示真实，那么该协议就是有效的。因此，如果双方在协议中明确约定了开票费用的承担方式，且该约定合法合规，那么房东将开票的钱退给租户（实际上是租户承担了开票费用）并不违法。
- 但需要注意的是，如果协议内容存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，或者违反了法律法规的强制性规定（如逃税、避税等），那么该协议可能被认定为无效或可撤销。
实际操作建议：
- 对于租户而言，在签订租赁合同时，应明确约定开票费用的承担方式，并确保该约定合法合规。如果房东提出将开票费用转嫁给租户，租户应仔细核算费用是否合理，并考虑是否接受该条款。
- 对于房东而言，应依法开具正规发票，并确保税费计算准确无误。如果确实需要将开票费用转嫁给租户，应在协议中明确约定，并避免通过虚假开具发票等方式来逃避税费。
总结来说，租房发票与房东达成协议开票的钱退给租户的行为本身并不直接构成违法，但具体是否合法需结合实际情况和双方协议内容来判断。如果双方协议合法合规，且房东依法开具了正规发票并缴纳了相应税费，那么这种行为是可以接受的。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。