在探讨公司如何证明员工不是劳动关系的问题时，我们首先要明确劳动关系的认定标准，并了解在争议中双方应承担的举证责任。以下是一个详细且有条理的解答：

一、劳动关系的认定标准

确认劳动关系，主要应从劳动者与用人单位是否存在劳动法上的隶属性、有偿性、组织性进行考量：

1. 隶属性：审查劳动者是否由用人单位招用，是否在用人单位的管理、指挥与监督下提供劳动，是否需要遵守单位的规章制度，并按照单位的要求在指定的时间、地点，按照指定的方式、形式提供劳动。

2. 有偿性：审查用人单位是否向劳动者支付劳动报酬，劳动者在经济上是否依赖于用人单位。

3. 组织性：审查劳动者是否在用人单位的生产组织体系中从事劳动，其从事的工作是否是用人单位的业务组成部分。

二、举证责任分配

在确认劳动关系的争议中，举证责任是分配给双方的。根据《劳动争议调解仲裁法》第6条的规定，发生劳动争议时，当事人对自己提出的主张有责任提供证据。与争议事项有关的证据如果属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；不提供的，应当承担不利后果。

三、公司证明员工不是劳动关系的步骤

1. 劳动者初步证明：

   • 劳动者可能会提供“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件，以及其他劳动者的证言等，来初步证明双方存在劳动关系。

2. 公司反驳举证：

   • 若公司主张双方不存在劳动关系，则需积极举证反驳。公司可以提供以下文件来证明劳动者身份信息并不在此类涉及员工管理的名录中：
     • 职工花名册：显示公司正式员工的名单，劳动者不在此列。
     • 社保缴费记录：证明公司未为劳动者缴纳社会保险，从而间接证明双方不存在劳动关系。
     • 招用记录：如招聘广告、面试记录等，显示公司未招用该劳动者。
     • 考勤记录：证明劳动者未在公司考勤系统中记录，未接受公司的考勤管理。

3. 仲裁员判断：

   • 仲裁员将根据双方提供的证据，依据举证责任分配原则作出判断。如果公司提供的证据证明力显著高于劳动者的证据，且事实清楚，仲裁员将直接根据证据作出判断。
   • 如果双方提供的证据证明力相差不大，待证事实模棱两可时，仲裁员将根据法定举证责任分配规则，由依法负有举证责任的当事人承担败诉风险。

四、建议

• 完善用工管理：公司应建立健全的用工管理制度，包括职工花名册、社保缴费记录、招用记录、考勤记录等，以便在争议发生时能够迅速提供有力证据。
• 及时沟通协商：在争议发生前，公司应与劳动者进行及时沟通协商，尽量通过友好方式解决争议，避免法律纠纷。
• 寻求法律帮助：如果争议无法通过协商解决，公司应及时寻求法律帮助，咨询专业律师或法律机构，以便更好地维护自身权益。

综上所述，公司要证明员工不是劳动关系，需要积极举证反驳劳动者的主张，并提供相关文件来证明双方不存在劳动法上的隶属性、有偿性、组织性。同时，公司也应完善用工管理，以便在争议发生时能够迅速提供有力证据。