针对您提出的“员工工伤后工作两年后怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及多个环节和细节的问题。下面，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您详细解答。
一、确认工伤与劳动能力鉴定
首先，需要确认的是，员工在工作期间发生的伤害是否被认定为工伤。这通常需要在事故伤害发生或被诊断为职业病之日起的一定期限内（单位申请为30日内，个人或近亲属申请为1年内），向社会保险行政部门提出工伤认定申请，并提交相关材料，如工伤认定申请表、劳动关系证明、医疗诊断证明等。
一旦工伤被认定，如果伤情影响了劳动能力，接下来需要进行劳动能力鉴定。这通常由用人单位、工伤职工或其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，鉴定内容包括劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度的等级。
二、确定赔偿项目和标准
根据工伤认定和劳动能力鉴定的结果，可以确定具体的赔偿项目和标准。这些赔偿项目可能包括：
医疗费用：符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录和住院服务标准的费用，由工伤保险基金支付。
停工留薪期工资：工伤期间原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付，一般不超过12个月，特殊情况下可适当延长。
伤残津贴：对于一至四级伤残的员工，保留劳动关系，退出工作岗位，从工伤保险基金按月支付伤残津贴。对于五至六级伤残且难以安排工作的员工，由用人单位按月发给伤残津贴。
一次性伤残补助金：根据伤残等级，从工伤保险基金支付一次性伤残补助金。
一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：对于五至十级伤残且与用人单位解除或终止劳动关系的员工，可获得这两项补助金，具体标准由当地政府规定。
其他费用：如住院伙食补助费、交通费、食宿费、康复治疗费、辅助器具费等，根据相关规定和标准由工伤保险基金或用人单位支付。
生活护理费：根据生活自理障碍等级支付。
三、申请赔偿的流程
工伤保险基金支付部分：如果员工已经参加了工伤保险，那么可以向工伤保险经办机构申请支付相关赔偿费用，提交所需材料。
用人单位支付部分：如果未参加工伤保险或按规定应由用人单位支付的部分，如停工留薪期工资、伤残津贴（五至六级伤残且难以安排工作的情况）等，由用人单位负责支付。
四、特殊情况：工伤后辞职的赔偿
如果员工在工伤后工作两年后选择辞职，是否有赔偿取决于其是否进行了伤残等级鉴定以及鉴定的结果。若已鉴定为七级至十级伤残，则有权获得一次性伤残补助金、一次性伤残就业补助金和一次性工伤医疗补助金等赔偿。若未进行鉴定或未达到伤残等级，则一般无额外工伤相关赔偿，但可能享有法定的经济补偿，如用人单位存在违法行为导致员工辞职的情况。
五、注意事项
地区差异：具体的赔偿项目和金额可能会因地区政策和实际情况有所不同，建议咨询当地的社保部门或专业律师以获取更准确的信息。
申请时效：工伤赔偿的申请有一定的时效限制，通常为一年，从事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起计算。因此，员工应及时申请赔偿以避免超过时效。
证据材料：为了支持赔偿请求，员工应准备好相关的工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论等证据材料。
维权途径：如果单位拒绝支付赔偿，员工可通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，员工工伤后工作两年后的赔偿问题涉及多个环节和细节，需要严格按照法定程序处理。希望以上解答能对您有所帮助。如果您有任何进一步的问题或需要更详细的指导，请随时咨询。