针对您提出的“公务员辞职申请90天未批复怎么办”的问题，以下是我根据相关法律法规和规定，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，公务员的辞职申请审批流程是受到严格规定的。根据《公务员辞去公职规定》，任免机关应当自接到公务员辞去公职申请之日起30日内予以审批，其中，对领导成员辞去公职的申请，审批期限可以延长至90日。这是为了确保审批过程的严谨性和公正性，同时考虑到领导成员职位的特殊性和复杂性。
现在，针对您的情况，如果您的辞职申请已经超过了90天仍未得到批复，您可以采取以下步骤：
了解审批进度：
- 您可以先联系所在单位的组织人事部门，了解您的辞职申请审批进度，询问是否有任何延误或需要补充的材料。
申请复核或提出申诉：
- 如果确认审批确实存在延误或不合理之处，且您已经满足了辞职的所有条件（如未涉及不得辞职的情形、已完成必要的公务交接等），您可以根据《公务员辞去公职规定》第十条，按照规定申请复核或者提出申诉。
- 复核或申诉的途径通常是通过所在单位的上级机关或公务员主管部门进行。
保持沟通并等待结果：
- 在申请复核或提出申诉期间，建议您保持与所在单位和相关部门的沟通，及时了解处理进展。
- 同时，您也需要耐心等待复核或申诉的结果，因为这类程序可能需要一定的时间来处理。
注意法律后果：
- 在辞职申请审批期间，您不得擅自离职，否则可能会面临开除处分等法律后果。
- 如果您的辞职申请最终得到批准，您需要按照规定办理公务交接手续，并配合原所在机关转递人事档案。
寻求法律援助：
- 如果您在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，可以寻求专业的法律援助或咨询，以确保您的权益得到妥善保护。
最后，我想强调的是，公务员的辞职申请审批是一个严肃而复杂的过程，需要您耐心等待并积极配合相关部门的工作。如果您的申请确实符合规定且没有其他阻碍因素，相信最终会得到合理的处理结果。希望以上解答能对您有所帮助。