若对停工留薪期延长确认结论书中的90天期限有异议，可以通过申请复查或提起行政诉讼来维护自身权益，具体分析如下：

1. 申请复查

• 复查主体：根据《工伤保险条例》及相关规定，若对停工留薪期的确认结论有异议，可以向作出该结论的劳动能力鉴定委员会申请复查。
• 复查流程：需提交书面复查申请，并附上相关证据材料，如医疗证明、诊断报告等，以支持自己的主张。劳动能力鉴定委员会在收到申请后，会重新组织专家进行鉴定，并出具复查结论。
• 注意事项：复查申请应在收到原确认结论书之日起一定期限内提出，具体期限可能因地区而异，需参照当地规定。

1. 提起行政诉讼

• 诉讼条件：若对复查结论仍不满意，或者劳动能力鉴定委员会未在规定期限内作出复查结论，可以向人民法院提起行政诉讼。
• 诉讼流程：需准备起诉状及相关证据材料，向有管辖权的人民法院提起诉讼。法院在受理案件后，会依法进行审理，并作出判决。
• 注意事项：提起行政诉讼需符合法定条件，如原告需与案件有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实根据等。同时，需注意诉讼时效问题，以免错过维权时机。