结论：员工在仲裁调解时隐瞒申请二倍工资，这一行为可能涉及诚信问题，但具体法律后果需结合实际情况分析。以下从多个角度进行详细阐述：
一、仲裁调解的基本原则与诚信要求
仲裁调解作为解决劳动争议的一种方式，其基本原则包括自愿、合法、公正、及时等。其中，诚信原则是调解过程中不可或缺的一部分。双方当事人在调解过程中应当如实陈述事实，提供真实证据，不得隐瞒或歪曲事实。员工在仲裁调解时隐瞒申请二倍工资，显然违反了诚信原则。
二、隐瞒申请二倍工资的法律后果
调解协议效力问题：
- 如果员工在调解过程中隐瞒了申请二倍工资的事实，而这一事实对调解结果有重大影响，那么调解协议可能因存在欺诈、胁迫等情形而无效或可撤销。根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，调解协议的内容违反法律、行政法规强制性规定的，或者以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的调解协议，当事人可以请求仲裁委员会变更或者撤销。
对员工个人的影响：
- 隐瞒事实可能导致员工在后续的法律程序中处于不利地位。如果调解协议被撤销或确认无效，员工可能需要重新参与仲裁或诉讼程序，这不仅会耗费更多的时间和精力，还可能因证据不足或事实不清而承担不利后果。
- 此外，隐瞒事实还可能影响员工的信誉和声誉，对其未来的职业发展产生负面影响。
对用人单位的影响：
- 如果员工隐瞒申请二倍工资的事实，导致用人单位在调解过程中作出了不合理的让步或承担了不必要的责任，用人单位可以在发现真相后依法维护自己的权益。例如，用人单位可以请求仲裁委员会撤销或变更调解协议，或者通过诉讼途径要求员工承担相应的法律责任。
三、应对策略与建议
对于用人单位：
- 在调解过程中，用人单位应当保持警惕，仔细审查员工提出的各项请求和事实依据。如果发现员工存在隐瞒或歪曲事实的情形，应当及时提出异议并要求员工提供真实证据。
- 如果调解协议已经达成但存在欺诈、胁迫等情形，用人单位可以在法定期限内请求仲裁委员会撤销或变更调解协议。
对于员工：
- 员工应当遵守诚信原则，如实陈述事实并提供真实证据。如果确实存在申请二倍工资的情形，应当在调解过程中明确提出并说明理由。
- 如果员工已经隐瞒了事实并达成了调解协议，但后来意识到自己的错误或担心法律后果，可以主动向用人单位或仲裁委员会说明情况并寻求解决方案。
四、法律背景与依据
- 《劳动争议调解仲裁法》：该法规定了劳动争议调解仲裁的基本原则、程序和要求，是处理劳动争议的主要法律依据。其中，关于调解协议的效力、撤销和变更等规定，为分析员工隐瞒申请二倍工资的法律后果提供了法律依据。
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