结论：供应商不合作的情况下，付款在3个月后是否合法，这主要取决于双方签订的货物买卖合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果货物买卖合同中明确规定了付款期限，并且该期限是双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，那么双方应当按照合同约定的期限履行付款义务。
- 若合同中约定付款期限为3个月后，且供应商在合同履行过程中无正当理由拒绝合作（如拒绝交付货物、拒绝提供服务等），这并不影响付款期限的效力。买方仍需在合同约定的3个月后付款，但买方有权要求供应商承担违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
合同无明确约定或约定不明确：
- 如果合同中没有明确约定付款期限，或者约定不明确，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，买方应当在收到货物或者提取货物单证的同时支付价款。但这一规定并非绝对，双方可以协商确定付款期限。
- 在供应商不合作的情况下，如果双方无法就付款期限达成一致，买方可能需要根据实际情况和交易习惯来确定合理的付款时间。然而，这并不意味着买方可以无限期拖延付款，否则可能构成违约。
二、法律法规角度
- 合法性原则：付款期限的约定必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不得约定买方在收到货物后数年才付款，这样的约定可能因显失公平而被认定为无效。
- 诚实信用原则：在合同履行过程中，双方应当遵循诚实信用原则。供应商不合作的行为可能违反了这一原则，但买方仍需按照合同约定或法律规定履行付款义务。当然，买方也有权要求供应商承担因其不合作行为造成的损失。
三、实际操作建议
- 审查合同：首先，买方应仔细审查货物买卖合同，明确合同中关于付款期限的约定。
- 与供应商协商：如果供应商不合作，买方可以尝试与供应商进行协商，寻求解决方案。例如，可以要求供应商继续履行合同义务，或者就付款期限进行重新约定。
- 寻求法律救济：如果协商无果，买方可以考虑通过法律途径解决纠纷。例如，可以向法院提起诉讼，要求供应商承担违约责任，并要求法院判决买方在合理期限内付款。
示例说明：假设甲乙双方签订了一份货物买卖合同，约定甲方向乙方购买一批货物，付款期限为收到货物后3个月。在合同履行过程中，乙方无正当理由拒绝交付货物。此时，甲方仍需按照合同约定在收到货物（如果实际收到）或根据合同约定视为收到货物（如乙方明确表示拒绝交付）后的3个月内付款。但甲方有权要求乙方承担违约责任，如赔偿因乙方不交付货物而造成的损失。
进一步思考：在实际操作中，买方在面对供应商不合作的情况时，除了考虑付款期限的合法性外，还应关注如何保护自己的合法权益。例如，可以通过保留相关证据（如合同、沟通记录、付款凭证等）来支持自己的主张；在协商或诉讼过程中，可以寻求专业律师的帮助来制定合适的策略。
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