注册的公司设置导航收费是否合法，这主要取决于公司是否具备相应的经营资质以及收费行为是否符合相关法律法规的规定。以下从多个角度进行分析：
一、公司经营资质角度
若公司具备导航服务相关经营资质：
- 如果公司已经依法取得了提供导航服务的经营许可，比如获得了地图编制、导航电子地图制作等相关资质，并且其收费行为符合物价部门的规定，那么其设置导航收费是合法的。
- 在这种情况下，公司有权按照其提供的服务内容和质量，向用户收取合理的费用。
若公司不具备导航服务相关经营资质：
- 如果公司未取得相关经营许可，擅自提供导航服务并收费，那么这种行为可能构成非法经营。
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司必须在其经营范围内开展业务活动，超出经营范围的经营行为可能面临行政处罚，甚至可能构成犯罪。
二、收费行为合法性角度
收费标准明确且合理：
- 即使公司具备导航服务经营资质，其收费行为也必须符合物价部门的规定，收费标准应当明确且合理。
- 如果公司随意定价、乱收费，或者存在价格欺诈等行为，那么这种收费行为也是不合法的。
用户知情权与选择权：
- 公司在提供导航服务并收费时，应当充分保障用户的知情权和选择权。
- 公司应当明确告知用户服务内容、收费标准等信息，并允许用户自主选择是否接受服务。如果公司未履行告知义务或者强制用户接受服务，那么这种行为可能侵犯用户的合法权益。
三、法律后果与风险提示
行政处罚：
- 如果公司未经许可擅自提供导航服务并收费，或者收费行为违反物价部门的规定，那么公司可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
民事纠纷：
- 如果公司因收费行为与用户发生纠纷，用户可能通过法律途径维护自己的合法权益，如提起民事诉讼要求公司退还费用、赔偿损失等。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果公司的非法经营行为情节严重，构成犯罪的，还可能面临刑事责任。
建议：
- 如果您打算注册公司并提供导航服务并收费，请务必确保公司具备相应的经营资质，并严格遵守相关法律法规的规定。
- 在制定收费标准时，请充分考虑市场情况和用户需求，确保收费标准明确且合理。
- 在提供服务时，请充分保障用户的知情权和选择权，避免引发不必要的纠纷。
如果您在注册公司或提供导航服务过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。