结论前置：采用非本公司注册收费是否违法及如何处理，需分情况讨论，具体如下：

1. 若未经许可使用他人公司名义收费
   此行为涉嫌违法，可能涉及两项法律责任：

   • 民事侵权：未经注册公司授权使用其名义收费，构成对该公司名称权的侵害（《民法典》第1014条），需承担停止侵害、赔偿损失等责任。
     
   • 行政处罚：若以虚假公司名义收费，可能违反《公司登记管理条例》第75条，被市场监管部门责令改正、罚款，情节严重者可能吊销营业执照。
     处理建议：立即停止使用他人公司名义，主动与注册公司协商赔偿，避免被起诉；若已被投诉，需配合调查并提交合法收费依据。

2. 若以个人名义收费但未注册个体工商户
   需区分是否属于“无证经营”：

   • 一般服务收费：如个人提供咨询、设计等劳务并收费，未注册个体工商户不直接违法，但需依法缴纳个人所得税（《个人所得税法》第2条）。
     
   • 需许可的经营活动：如开办培训班、销售商品等需行政许可的业务，未注册且无许可即收费，可能违反《无证无照经营查处办法》第6条，被没收违法所得、罚款。
     处理建议：若为一般劳务收费，建议尽快补办税务登记；若涉及需许可的业务，需先办理营业执照及相应许可，再合法经营。

3. 若公司内部允许分支机构收费但未注册
   需看是否符合公司章程及法律规定：

   • 合法分支机构：若公司授权分支机构收费，但未办理分支机构登记，可能违反《公司法》第14条（需登记后开展经营活动），被责令改正或罚款。
     
   • 超范围收费：若分支机构超出核准范围收费，可能被认定为超范围经营，需承担行政责任。
     处理建议：公司应尽快为分支机构办理登记，明确收费权限；若已违规，需主动向市场监管部门说明情况并整改。

总结：是否违法需结合收费主体、方式及业务性质判断。若您遇到此类问题，可直接向我说明具体场景（如收费主体、业务类型、是否获授权等），我将进一步分析法律风险及应对方案。