如果发现别人使用您的身份证注册了公司，并且这一行为已经违法，您需要立即采取一系列措施来维护自己的合法权益。以下是一个详细且有条理的解答：

一、确认身份被冒用并立即报案

1. 确认冒用情况：首先，您应前往当地工商行政管理部门，凭借个人身份证申请查询相关公司的注册档案资料，以确认是否真的存在身份被冒用的情况，并获取该公司的具体注册信息。

2. 向公安机关报案：根据《中华人民共和国居民身份证法》的相关规定，冒用他人身份证是违法行为。您应尽快携带收集到的证据材料（如身份证丢失的报案记录、挂失证明等）向当地公安机关报案，详细说明身份证被盗用的时间、地点、身份证号及具体被盗用情形。报案后务必收好报案回执单，这是后续维权的重要依据。

二、收集并保留证据

在整个过程中，您务必注意收集能证明身份被冒用的所有证据。这些证据包括但不限于：

• 您从未签署过的与公司注册相关的文件（如公司章程、股东决议等）。
• 注册时预留的非您本人的联系方式。
• 您在公司注册时间段内的其他行程记录或不在场证明等。
• 与冒用者的聊天记录、通话录音等直接证据。

三、申请撤销工商登记

1. 向工商登记机关提交申请：您应向公司登记机关（如工商局或市场监督管理局）提交书面申请，要求撤销因身份证被盗用而进行的工商登记。申请时需提供申请书、身份证明原件及复印件、报案回执单及其他收集到的证据材料。

2. 关注处理期限与后续行动：若工商登记机关在收到申请后未予回复或作出行政处理，您可在法定期限内向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决撤销该公司登记行为。

四、处理税务问题

如果该公司在税务方面存在异常，可能影响您的个人信用。您需及时向税务部门说明情况，并提供证据证明公司注册并非您本人意愿。税务部门会进行相应调查和处理，以消除对您个人信用的不良影响。

五、考虑法律诉讼与律师协助

1. 提起行政诉讼：若对工商登记机关的处理结果不满，您可直接向人民法院提起行政诉讼，起诉对象一般为工商登记机关。起诉期限一般应在知道或应当知道“被登记”之日起一年内提出，且最长不得超过五年。

2. 追究民事责任：若因身份被冒用导致经济损失（如信用受损、经济赔偿等），您可向人民法院提起民事诉讼，要求冒用者承担相应的民事赔偿责任。

3. 追究刑事责任：对于情节严重的冒用行为，如涉嫌伪造国家机关公文、证件罪等，您可向公安机关报案，由公安机关依法立案侦查，并追究冒用者的刑事责任。

4. 寻求专业律师帮助：在整个维权过程中，您可考虑寻求专业律师的帮助。律师能提供法律咨询和代理服务，协助您收集证据、起草法律文件、代理诉讼等，从而更好地维护您的合法权益。

六、加强个人信息保护

在处理完上述问题后，您应更加重视个人信息的安全保护。建议妥善保管身份证等重要证件，避免随意透露个人信息，以防止类似侵害再次发生。

综上所述，面对身份证被别人用来注册公司且已违法的情况，您应立即采取行动，通过确认冒用情况、报案、收集证据、申请撤销工商登记、处理税务问题、考虑法律诉讼与律师协助以及加强个人信息保护等方式来维护自己的合法权益。