结论：工程被挂靠方在抵扣后还收取百分之三的增值税是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若该费用为双方约定的管理费或服务费且不违反税收法规，则可能合法；但若该费用被错误地表述为增值税或存在偷逃税费的情形，则不合法。

分析说明：

1. 增值税的基本概念与抵扣机制：

   • 增值税是对商品和服务在流转过程中产生的增值部分征收的税。在建设工程领域，挂靠方（实际施工方）通常需要向被挂靠方（名义施工方）提供增值税专用发票，以便被挂靠方进行增值税的抵扣。
   • 抵扣机制是增值税制度的核心，它确保了税负的公平性和合理性。被挂靠方在收到挂靠方提供的增值税专用发票后，可以按照发票上注明的税额进行抵扣，从而减少其应缴纳的增值税额。

2. 被挂靠方收取费用的性质：

   • 在挂靠关系中，被挂靠方可能会向挂靠方收取一定的管理费或服务费。这些费用通常用于覆盖被挂靠方因提供资质、管理、协调等服务而产生的成本。
   • 如果被挂靠方在抵扣增值税后，还向挂靠方收取了额外的费用，并且该费用被明确为管理费或服务费，且双方对此有明确的约定，同时该约定不违反相关税收法规和合同条款，那么这种收费行为可能是合法的。

3. 收取“百分之三的增值税”的合法性判断：

   • 如果被挂靠方收取的“百分之三的增值税”实际上是对挂靠方应缴纳的增值税的一种转嫁或额外收取，且这种收费没有明确的合同依据或违反了税收法规，那么这种行为是不合法的。
   • 另一种情况是，如果双方约定了被挂靠方在抵扣增值税后，向挂靠方收取一定比例的费用作为管理费或服务费，并且该比例恰好为百分之三，同时这种约定不违反相关法律法规，那么这种收费行为可能是合法的。但需要注意的是，这种费用应被明确为管理费或服务费，而非增值税本身。

4. 可能的法律后果：

   • 如果被挂靠方存在偷逃税费、虚开发票等违法行为，将面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金、罚款等。
   • 如果双方之间的收费行为违反了合同条款或相关法律法规，挂靠方有权要求被挂靠方承担违约责任或寻求法律救济。

建议：

• 对于挂靠方和被挂靠方而言，应明确双方的权利和义务，包括费用的收取、抵扣、支付等事项，并在合同中明确约定。
• 在涉及增值税等税收问题时，应严格遵守相关税收法规，确保税费的合法性和合规性。
• 如果双方对收费行为存在争议或疑问，建议咨询专业的税务律师或税务机关以获取准确的法律意见和指导。

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