被挂靠公司是否承担税务责任，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果挂靠行为被认定为合法且税务处理合规：
- 在这种情况下，被挂靠公司作为名义上的纳税人，如果已经按照税法规定，正确计算和申报了应纳税款，并且已经将税款足额缴纳给税务机关，那么即使工程利润被挂靠人拿走，被挂靠公司也不需要承担额外的税务责任。因为税务责任是基于纳税义务的产生和履行情况来确定的，只要被挂靠公司履行了其纳税义务，就不会因挂靠人的利润分配而承担税务风险。
如果挂靠行为存在违法或税务处理不合规：
- 未按规定申报纳税：如果被挂靠公司未按照税法规定申报纳税，或者申报的税款与实际应纳税款不符，那么税务机关有权要求被挂靠公司补缴税款，并可能加收滞纳金或处以罚款。此时，无论工程利润如何分配，被挂靠公司都需要承担相应的税务责任。
- 挂靠行为被认定为偷税漏税：如果挂靠行为被税务机关认定为偷税漏税行为，那么被挂靠公司作为名义上的纳税人，将面临更严重的税务处罚，包括补缴税款、滞纳金、罚款，甚至可能涉及刑事责任。在这种情况下，工程利润的分配情况不会影响被挂靠公司承担税务责任的事实。
- 挂靠协议无效或被撤销：如果挂靠协议因违反法律法规或公序良俗而被认定无效或被撤销，那么被挂靠公司可能无法依据挂靠协议来免除其税务责任。此时，税务机关将根据实际情况来确定纳税义务人，并要求其承担相应的税务责任。
法律建议：
- 对于被挂靠公司而言，为了避免税务风险，应当确保挂靠行为的合法性，并严格按照税法规定进行税务处理。这包括正确计算和申报应纳税款、及时缴纳税款、保留完整的税务资料等。
- 如果挂靠行为已经发生，且存在税务处理不合规的情况，被挂靠公司应当尽快与税务机关沟通，主动补缴税款和滞纳金，以减轻可能的税务处罚。
- 在签订挂靠协议时，被挂靠公司应当明确双方的权利和义务，特别是关于税务处理方面的条款，以避免因协议不明确而引发的税务纠纷。
可能后果：
- 如果被挂靠公司未履行其纳税义务，将面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金、罚款等。在严重情况下，还可能涉及刑事责任，如逃税罪等。
- 税务纠纷不仅会影响被挂靠公司的声誉和信誉，还可能对其经营活动产生负面影响，如导致资金链紧张、影响业务合作等。
因此，被挂靠公司应当高度重视税务合规问题，确保挂靠行为的合法性和税务处理的合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。