被挂靠方擅自支付工程款不合法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 挂靠关系的法律性质

1. 挂靠行为非法：在建筑行业中，挂靠行为是指没有资质或资质较低的企业或个人，通过借用、挂靠有资质企业的名义，承揽工程项目的行为。这种行为违反了《建筑法》、《合同法》等相关法律法规，属于非法行为。
2. 合同无效：基于挂靠关系签订的工程承包合同，通常因违反法律强制性规定而被认定为无效合同。

二. 工程款支付的主体与程序

1. 支付主体：根据合同约定及行业惯例，工程款的支付应由发包方（或总包方）按照合同约定的程序和时间节点，支付给承包方（或被挂靠方指定的账户）。
2. 擅自支付的法律后果：如果被挂靠方未经发包方同意或未按照合同约定的程序擅自支付工程款，可能构成对合同约定的违反，甚至可能构成对发包方财产的非法侵占。

三. 法律责任

1. 违约责任：被挂靠方擅自支付工程款，可能导致发包方无法按照合同约定的方式管理资金，进而影响工程进度和质量控制。因此，被挂靠方可能需要承担违约责任，赔偿发包方因此遭受的损失。
2. 其他法律责任：如果擅自支付工程款的行为涉及挪用资金、诈骗等犯罪行为，还可能被追究相应的刑事责任。

综上所述，被挂靠方擅自支付工程款是不合法的，可能引发一系列法律纠纷和责任。我建议在实际操作中，应严格遵守合同约定和法律法规，确保工程款的支付合法、合规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。