结论：公司老板只认部分工资的做法是否合法，需根据具体情况判断。若公司合伙人退出不影响公司主体资格及与您的劳动关系，且您已提供完整劳动，老板仅支付部分工资通常不合法；若存在特殊约定或公司主体资格变化等情形，则可能合法或需进一步分析。以下从不同角度详细分析：
一、公司主体资格及劳动关系未变化的情况
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 若公司合伙人退出，但公司主体资格（如公司名称、注册地址、法定代表人等）未发生变化，且您与公司的劳动关系仍然存续，那么公司应当按照您实际提供的劳动支付全额工资。
法律建议：
- 若老板仅支付部分工资，您有权要求公司支付剩余工资。
- 若公司拒绝支付，您可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的经济补偿。
二、存在特殊约定或公司主体资格变化的情况
特殊约定：
- 若您与公司之间存在特殊约定（如绩效工资、奖金等与特定条件挂钩的工资部分），且这些条件未满足，那么公司可能只支付部分工资。但这种情况需有明确的书面约定，且约定内容需合法合规。
- 分析：若存在此类约定，且您已了解并同意，那么公司支付部分工资可能是合法的。但若约定不明确或存在争议，您仍有权要求公司支付全额工资，并通过协商、投诉或仲裁等方式解决。
公司主体资格变化：
- 若公司合伙人退出导致公司主体资格发生变化（如公司注销、合并、分立等），那么您的劳动关系可能受到影响。在这种情况下，工资支付问题需根据新的劳动关系或公司安排来确定。
- 分析：若公司主体资格发生变化，您应首先确认新的劳动关系或公司安排，并据此要求支付工资。若新主体拒绝支付或存在争议，您同样可以通过协商、投诉或仲裁等方式维护自己的权益。
三、可能存在的法律后果
- 若公司无正当理由拖欠或克扣工资，您有权要求公司支付拖欠的工资及可能的25%的经济补偿金（根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条，但需注意该办法已废止，实践中可能依据《劳动合同法》等相关规定处理，具体补偿标准可能有所不同）。
- 若公司行为构成恶意拖欠工资，您还可以向公安机关报案，要求追究公司的刑事责任（在符合相关条件的情况下）。
进一步思考：在处理此类问题时，您应首先收集并保存好与公司的劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料。这些证据将有助于您在协商、投诉或仲裁过程中证明自己的权益。若您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到充分保障，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。