关于“总公司发薪而分公司缴纳社保是否合法”的问题，我们可以从法律层面、实际操作以及风险防范等多个角度进行详细分析。
一、法律层面分析
劳动关系认定：
- 根据《劳动合同法》及相关法律法规，劳动关系的认定并不完全取决于工资发放或社保缴纳的主体，而是基于管理与被管理关系、劳动者提供的劳动是否为用人单位业务的组成部分等因素。因此，在总公司发薪、分公司缴纳社保的情况下，只要劳动关系的实质性要素明确，且这种安排不影响劳动关系的清晰性，即不违法。
分公司主体资格：
- 分公司若依法取得营业执照或登记证书，则具备为劳动者缴纳社保的主体资格。这是分公司能够独立进行社保缴纳的前提条件。
社保缴纳规定：
- 《社会保险法》规定，用人单位应自用工之日起三十日内为职工办理社保登记。在总公司和分公司的架构下，只要分公司具备相应资格，且操作符合当地社保政策规定，即可由分公司为劳动者缴纳社保。
二、实际操作考虑
明确内部管理规定：
- 总公司和分公司应共同制定详细的内部管理规定，明确工资发放、社保缴纳的具体流程和责任分工。这有助于避免管理混乱，确保操作的规范性和一致性。
加强沟通与解释：
- 公司应向员工充分解释工资发放与社保缴纳主体不一致的原因和合理性。通过沟通解释，可以确保员工了解并接受这种安排，减少误解和纠纷的发生。
关注属地管理差异：
- 不同地区的社保政策可能存在差异，导致缴费标准不一致。公司应密切关注并遵守各地社保政策，及时调整缴纳策略，确保合规性。
三、风险防范建议
完善风险应对机制：
- 针对可能出现的属地管理差异风险、工资与社保不匹配风险等，公司应制定相应的风险应对措施。例如，建立纠纷处理机制，明确责任分工，确保在纠纷发生时能够迅速响应并承担责任。
确保信息申报准确：
- 无论是总公司还是分公司，在进行社保和公积金申报时，都需确保员工信息的准确无误。不准确的信息申报可能导致缴费不足或违规，因此公司应建立健全的信息申报机制，确保申报数据的准确性。
保障员工权益一致性：
- 无论在哪个公司缴纳社保，员工享有的社保和公积金权益都不应受到损害。公司应确保员工能够按照最有利的政策享受相应权益，避免因安排不当而损害员工利益。
总结：
总公司发薪而分公司缴纳社保的做法在符合一定条件下是合法的。但公司需谨慎操作，确保分公司具备相应资格、操作符合当地社保政策规定、内部管理规定明确且沟通解释到位。同时，公司还应关注潜在的法律风险，并采取有效措施进行防范和应对。通过这些措施，可以确保公司操作的合规性，并保障员工的合法权益。