工程不按设计施工时，工程款的计算需根据具体情况来确定，以下分情况说明：
若发包方未提出异议，且工程验收合格：
- 在这种情况下，尽管施工方未按照设计施工，但如果发包方在施工过程中未提出异议，并且工程最终通过了验收，那么通常可以认为发包方接受了这种变更。根据《民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。因此，工程款可以按照实际施工的内容和工程量，结合合同约定的计价方式来计算。
若发包方提出异议，且工程验收不合格：
- 如果发包方在施工过程中就提出了异议，或者工程最终未能通过验收，那么施工方可能需要承担违约责任。在这种情况下，工程款的计算将更为复杂。一方面，施工方可能无法获得全部的工程款；另一方面，还可能需要承担修复、返工等费用。具体来说，如果合同中有明确约定，则按照合同约定处理；如果合同中没有约定或者约定不明确，那么可以根据实际情况，参照类似工程的计价方式或者行业标准来协商确定工程款，同时扣除因违约造成的损失。
若因设计变更导致工程量增减：
- 在施工过程中，有时会因为设计变更而导致工程量的增减。这种情况下，工程款的计算也需要相应调整。根据《建设工程工程量清单计价规范》等相关规定，因设计变更导致工程量增减的，应按照合同约定的计价方式进行调整。如果合同中没有约定或者约定不明确，那么可以由双方协商确定；协商不成的，可以参照类似工程的计价方式或者行业标准来确定。
法律建议：
- 对于发包方来说，在施工过程中应密切关注施工方的施工情况，一旦发现未按照设计施工的情况，应及时提出异议并要求施工方整改。同时，在验收工程时，应严格按照设计要求进行验收，确保工程质量符合合同约定。
- 对于施工方来说，应严格按照设计施工，确保工程质量。如果因特殊原因需要变更设计，应及时与发包方协商并取得其同意。同时，在施工过程中应做好相关记录，以便在发生纠纷时能够提供有力的证据。
可能后果：
- 如果施工方未按照设计施工且未取得发包方同意，那么可能面临违约责任，包括但不限于赔偿损失、修复工程等。同时，还可能影响施工方的信誉和未来的业务发展。
- 如果发包方在施工过程中未提出异议且工程验收合格，但事后又以未按照设计施工为由拒绝支付工程款或者要求减少工程款，那么发包方可能面临败诉的风险，并需要承担相应的法律责任。
总结来说，工程不按设计施工时工程款的计算是一个复杂的问题，需要根据具体情况来确定。如果你面临这样的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。