结论：公司同时扣请假员工的工资和代班费用是否合法，需根据具体情况判断。若公司规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规，则可能合法；若未规定或规定违法，则公司行为不合法。

分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 合法情形：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了员工请假时，公司有权扣除工资以及因员工请假而产生的代班费用，并且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么公司的行为可能是合法的。例如，规章制度中明确规定了“员工请假期间，除扣除请假天数工资外，还需承担因请假产生的代班费用，费用标准为XX元/天”，且这一标准合理，不构成对员工权益的过度侵害。
   • 违法情形：如果公司的规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定的内容违反了国家法律法规的强制性规定（如扣除的费用过高，超出了员工因请假给公司造成的实际损失），那么公司的行为就是违法的。

2. 法律法规的强制性规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，公司扣除员工工资必须基于合法、合理的原因，且扣除的金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后员工工资不得低于当地最低工资标准。如果公司扣除的工资和代班费用总和超过了这一限制，或者扣除的原因不合法、不合理，那么公司的行为就是违法的。
   • 同时，公司不得随意要求员工承担因请假而产生的额外费用，除非这一费用是员工因请假而给公司造成的直接经济损失，且这一损失是合理、可计算的。

3. 实际操作中的合理性：

   • 即使公司的规章制度或劳动合同中有相关规定，公司在实际操作时也需要考虑合理性。例如，如果员工请假是因为突发疾病或家庭紧急情况，公司要求员工承担高额的代班费用可能显得不近人情，也可能引发劳动纠纷。
   • 公司应该根据实际情况，合理确定代班费用的标准，并确保这一标准既能够弥补公司因员工请假而产生的损失，又不会对员工造成过大的经济负担。

建议：

• 如果您认为公司的行为不合法或不合理，您可以先与公司进行沟通协商，尝试解决问题。
• 如果沟通协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 在未来的工作中，建议您仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解自己的权利和义务，以便在遇到问题时能够及时维护自己的权益。

后续思考：

• 在签订劳动合同时，员工应该仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利、请假等方面的规定，确保自己的权益得到保障。
• 公司也应该制定合理、合法的规章制度，并在制定过程中充分考虑员工的利益和需求，以建立良好的劳动关系。