结论前置：将房租收入直接充抵水电费是否合法，主要取决于租赁合同中的约定以及双方的协商结果。有合同约定或经双方协商一致的情况下合法；无约定且未经协商的情况下不合法。以下是对这一问题的详细分析：

一、合法情况

1. 有合同约定：

   • 如果房屋租赁合同中明确规定了当承租人拖欠水电费时，出租人可以用剩余未到期的房租来抵扣水电费，那么这种操作是合法的。合同是双方真实意思的表示，只要内容不违反法律法规的强制性规定，双方都应当严格按照合同约定履行各自的义务。此时，用房租抵扣水电费的行为有明确的法律依据，即合同条款。
   • 举例：假设租赁合同中明确约定：“若承租人拖欠水电费超过一个月，出租人有权用剩余房租抵扣水电费。”在此情况下，若承租人确实拖欠了水电费，出租人便可以依据合同条款，用房租进行抵扣。

2. 经协商一致：

   • 即使租赁合同中并未就房租抵扣水电费作出明确规定，但如果承租人与出租人在事后能够经过平等、自愿的协商，并达成了一致意见，同意用未到期房租来抵扣水电费，这种情况下也是合法有效的。民事主体有权依法自行处分自己的民事权利，双方通过协商一致变更了原合同的履行方式，这种变更在法律上是得到认可的。
   • 举例：承租人因临时资金周转困难，无法按时支付水电费，于是与出租人协商，希望用部分房租来抵扣水电费。出租人同意后，双方签订了补充协议，明确了抵扣的金额和方式。在此情况下，用房租抵扣水电费的行为便是合法的。

二、不合法情况

• 无约定且未协商：
  • 如果租赁合同中既没有关于房租抵扣水电费的条款，双方也没有在事后就此事进行协商并达成一致意见，那么承租人单方面决定用未到期房租来抵扣水电费的行为是不合法的。房租和水电费是两个性质不同的费用，各自有其独立的支付依据和时间要求。承租人未按合同约定支付房租，将构成违约，出租人有权依据合同追究其违约责任，包括要求其支付房租、承担违约金等。
  • 举例：承租人未经出租人同意，擅自将房租用于抵扣水电费。出租人发现后，要求承租人立即支付拖欠的房租，并可能要求承租人承担违约责任。在此情况下，承租人的行为便是不合法的。

三、法律建议

• 查看租赁合同：在处理此类问题时，双方应首先查看租赁合同中的相关条款，了解是否有关于房租抵扣水电费的约定。
• 协商解决：如果合同中没有相关约定，双方应尽量通过协商达成共识。协商时，应明确抵扣的金额、方式以及时间等关键要素，并签订补充协议以明确双方的权利和义务。
• 依法维权：若无法协商解决，则应依法采取适当的法律手段来维护自身权益。例如，出租人可以要求承租人支付拖欠的房租和水电费，并承担违约责任；承租人则可以通过法律途径维护自己的合法权益，如要求出租人提供合法的收费依据等。

总结：将房租收入直接充抵水电费是否合法，取决于租赁合同中的约定以及双方的协商结果。在处理此类问题时，双方应首先查看合同条款，并尽量通过协商达成共识。若无法协商解决，则应依法采取适当的法律手段来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。