合同约定的审计超额罚款计算方式需依据具体条款内容确定，通常以超额部分金额为基数，按约定比例或固定金额计算，具体分以下两种常见情形说明：

1. 按超额比例计算
   若合同约定“审计发现实际金额超过预算金额的X%，则对超额部分按Y%收取罚款”，则计算公式为：
   罚款金额 =（实际金额 - 预算金额）× Y%
   示例：预算100万元，实际120万元，约定超额10%以上部分按5%罚款。因超额20万元（120-100），且超过10%阈值，故罚款=20万×5%=1万元。
   注意：需明确条款是否设置超额阈值（如仅对超过10%的部分罚款），避免计算错误。

2. 按固定金额分段计算
   若合同约定“超额部分在A万元以内按X元/万元罚款，超过A万元部分按Y元/万元罚款”，则需分段计算后累加。
   示例：预算100万元，实际150万元，约定10万元以内按2元/万元罚款，超过部分按5元/万元罚款。则罚款=10万×2元 + 40万×5元 = 20元 + 200元 = 220元（此处为简化示例，实际条款可能以“万元”为单位计算更高金额）。
   关键点：需严格按条款约定的分段标准划分超额部分，避免混淆基数。

特别提醒：

• 条款有效性：罚款性质属于违约金，若约定比例过高（如超过实际损失的30%），违约方可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构调整。
  
• 审计依据：需明确审计机构资质、审计程序合法性，若审计结果存在争议，可能影响罚款计算基础。
  
• 条款表述：避免使用“罚款”等行政处罚词汇，建议改为“违约金”或“超额责任金”，以符合民事合同性质。
  

若合同条款表述模糊或存在争议，建议携带具体文本进一步分析。