超市对员工进行罚款两千元的行为是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

首先，我们需要明确罚款权的归属。罚款是行政处罚的一种形式，根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，罚款只能由国家行政管理机关或法律授权的机构在法定职权范围内依照法定程序实施。超市作为企业，并不具备行政处罚权，因此它无权对员工进行罚款。

其次，关于企业规章制度的合法性。虽然用人单位有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须严格遵守法律法规的强制性规定，不能包含罚款等行政处罚内容。如果超市的规章制度中明确包含了罚款条款，那么这些条款将因违法而无效，员工有权拒绝遵守，并可以通过合法途径维护自己的权益。

再者，从员工权益的保障与救济途径来看，员工在面对超市的不合理罚款时，首先可以尝试与超市管理层进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商不成，员工可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果因为超市的违法罚款行为给员工造成了实际损害，超市还应当承担相应的赔偿责任。

最后，对于超市如何合法管理员工，建议超市应当制定合法的规章制度，明确员工的权利和义务，以及违规行为的处理程序和标准。对于员工的违规行为，超市可以采取合法的内部管理措施进行处理，如警告、记过、降级、调岗、解除劳动合同等，但绝对不得采取罚款的方式。同时，超市在制定涉及员工切身利益的规章制度时，应遵循《中华人民共和国劳动合同法》的规定，确保内容的合法性，并经过职工代表大会或全体职工的讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，最终进行公示或告知员工。

综上所述，超市对员工进行罚款两千元的行为是违法的，不仅违反了法律法规的规定，也损害了员工的合法权益。超市应当依法经营，通过合法合规的手段来管理员工，确保企业的稳定发展和员工的合法权益得到保障。