结论：合同约定仲裁但公司已注销的情况下，不能直接起诉，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：

一、一般原则：仲裁协议排除司法管辖

根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这一条款确立了仲裁协议排除司法管辖的基本原则。因此，在合同明确约定仲裁条款的情况下，即使公司已注销，原则上仍应通过仲裁解决纠纷，而非直接起诉。

二、公司注销对仲裁协议效力的影响

公司注销后，其法人资格终止，但仲裁协议的效力并不因此自动失效。仲裁协议的效力主要取决于其是否满足法定要件，如是否明确约定仲裁机构、内容是否合法等。若仲裁协议有效，则仍应通过仲裁解决纠纷。

三、例外情形：仲裁协议无效或无法执行

尽管存在有效的仲裁协议，但在以下情况下，当事人可能可以直接起诉：

1. 仲裁协议无效：

   • 根据《仲裁法》第十七条，仲裁协议无效的情形包括：约定事项超出法定仲裁范围（如婚姻、收养等身份关系纠纷）；无民事行为能力人或限制行为能力人订立；一方采取胁迫手段迫使对方签订；内容违反法律强制性规定。
   • 若仲裁协议因上述原因无效，则当事人可以直接向法院起诉。

2. 仲裁协议无法执行：

   • 若公司注销导致仲裁协议无法实际执行（如无法确定仲裁机构、无法送达仲裁通知等），且双方无法就新的争议解决方式达成一致，则当事人可能可以向法院起诉。但这种情况较为复杂，需根据具体案情判断。

四、实务操作建议

1. 审查仲裁协议有效性：

   • 确认仲裁协议是否明确约定了仲裁机构、仲裁规则等关键要素。
   • 检查仲裁协议是否存在无效情形，如是否违反法律强制性规定等。

2. 考虑公司注销后的主体资格问题：

   • 若公司注销后，其权利义务由其他主体承继（如股东、清算组等），则应与承继主体协商解决争议。
   • 若无法确定承继主体或承继主体拒绝协商，则可考虑通过仲裁或诉讼途径解决，但需根据仲裁协议的效力及执行情况选择合适的方式。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 在处理此类复杂纠纷时，建议咨询专业律师，以便更准确地判断仲裁协议的效力及选择合适的争议解决方式。

五、典型案例说明

• 案例：甲公司与乙公司签订买卖合同并约定仲裁条款。后甲公司注销，乙公司因合同纠纷欲起诉甲公司的股东。但因存在有效仲裁协议，乙公司无法直接起诉，而应通过仲裁解决纠纷。若仲裁协议无效或无法执行，则乙公司可能可以向法院起诉。

总结：合同约定仲裁但公司已注销的情况下，原则上不能直接起诉，而应通过仲裁解决纠纷。但若仲裁协议无效或无法执行，则当事人可能可以直接起诉。在处理此类纠纷时，建议仔细审查仲裁协议的效力及执行情况，并寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。