当您遇到合同纠纷而对方公司已经注销的情况时，起诉的流程和确定责任主体会相对复杂一些。以下是我为您详细解答如何在此情况下进行起诉：
一、确定起诉对象
股东责任：
- 如果您能证明原公司股东在公司注销过程中有未依法进行清算、存在过错行为，这些股东就需要对公司债务承担相应责任，您可以将他们列为被告。
出资人责任：
- 如果您有证据表明出资人存在虚假出资、抽逃出资等情况，并且这些行为对公司债务负有责任，您也可以将其列为被告。
二、收集证据
在起诉之前，务必准备好以下证据材料：
- 相关合同文件及附件，证明合同关系的存在和内容。
- 公司注销的相关材料，如注销登记证明、清算报告等，证明公司已经注销的事实。
- 股东的出资情况证明，如验资报告、银行转账记录等，用于证明股东是否存在过错或出资问题。
三、确定管辖法院
管辖法院的确定通常依据以下原则：
- 未经清算直接注销：如果公司未经清算就直接注销，权利和义务由清算义务人承接，您可以向清算义务人所在地的法院起诉。
- 经合法清算后注销：如果公司经过合法清算后注销，您应该向被告公司原住所地的法院起诉。
四、遵循民事诉讼程序
在起诉过程中，您需要严格遵循民事诉讼的规定，包括：
- 提交起诉状：准备好起诉状，并按照法院的要求填写相关信息，提交给确定的管辖法院。
- 按时参加庭审：在法院安排庭审后，务必按时参加，并准备好证据材料进行质证和辩论。
五、其他注意事项
- 公司注销后的存在形式：注意公司注销后是否以其他形式存在，如合并、分立等，这可能影响起诉对象和管辖法院的确定。
- 特殊约定：如果合同中存在特殊约定，如管辖法院约定，即使公司注销，该约定在一定条件下仍可能有效。
综上所述，虽然对方公司已经注销，但您仍然可以通过起诉原公司的股东、出资人等主体来维护自身的合法权益。关键在于明确责任主体、收集齐全充分的证据，并遵循合法的诉讼程序。希望这些信息能对您有所帮助。