自收自支单位不按档案工资算是否违法，取决于具体的法律法规和劳动合同约定。下面我将从几个角度进行详细分析：

1. 法律法规角度：

   • 根据我国劳动法的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果自收自支单位与劳动者在劳动合同中明确约定了工资标准，且该标准不低于当地最低工资标准，那么单位应当按照约定支付工资。
   • 如果劳动合同中未明确约定工资标准，或者约定的工资标准低于当地最低工资标准，那么单位应当遵守国家关于最低工资标准的规定，支付不低于最低工资标准的工资。

2. 劳动合同约定角度：

   • 如果劳动合同中明确规定了工资的计算方式和标准，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位应当严格按照劳动合同约定支付工资。
   • 如果劳动合同中未明确规定工资的计算方式和标准，或者规定不明确，那么单位应当与劳动者进行协商，明确工资标准，并遵守相关法律法规的规定。

3. 实际情况角度：

   • 自收自支单位由于其特殊的财务和管理体制，可能在工资支付方面存在一定的灵活性。但是，这种灵活性不能违反法律法规和劳动合同的约定。
   • 如果自收自支单位不按档案工资算，且没有合理的解释和依据，那么这种行为可能构成违法，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

综上所述，自收自支单位不按档案工资算是否违法，需要具体问题具体分析。如果单位的行为违反了法律法规或劳动合同的约定，那么这种行为就是违法的。因此，建议劳动者在签订劳动合同时，要明确约定工资标准和计算方式，并保留好相关证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。