当遇到员工带着公司款项跑路的情况时，公司需要迅速而有序地采取一系列措施来维护自身权益。以下是一套详细的应对策略：

一、立即确认情况并收集证据

1. 确认款项丢失：首先，要迅速确认款项确实被员工带走，并初步了解丢失的金额、时间、地点等关键信息。

2. 收集证据材料：全面搜集与事件相关的证据，包括但不限于劳动合同、财务记录（如转账记录、收据、发票）、工作相关文件（如业务合同、报销申请单）以及沟通记录（如邮件、短信、微信聊天记录）。这些证据将为后续处理提供坚实依据。

二、尝试联系员工并了解情况

1. 直接沟通：尝试通过电话、短信、邮件或即时通讯工具与员工取得联系，要求其说明情况并归还款项。在沟通过程中，保持冷静和理性，避免情绪化表达，同时保留所有沟通记录作为后续证据。

2. 发送正式通知：若直接沟通无果，可考虑委托律师发送正式书面通知（如律师函），明确告知员工行为的性质、后果及归还款项的期限。

三、及时报警并展开内部调查

1. 立即报警：携带已收集的证据，向当地公安机关经济犯罪侦查部门报案，详细说明员工涉嫌职务侵占或诈骗等犯罪行为。配合公安机关的调查工作，提供所需信息，协助查找员工下落及款项去向。

2. 内部调查：

   • 询问与员工有工作交集的同事及直属上级，了解款项领取、用途及员工异常表现。
   • 核查工作流程，检查审批流程合规性、款项交接记录等，识别管理漏洞。

四、考虑法律途径维权

1. 提起民事诉讼：若员工行为不构成刑事犯罪或在刑事诉讼结束后仍有部分款项未追回，公司可考虑通过民事诉讼的方式要求员工归还款项。此时，应聘请专业律师制定诉讼策略、准备诉讼材料并参加诉讼过程。

2. 咨询保险赔偿：若公司购买了相关商业保险（如员工忠诚险、财产一切险），应联系保险公司咨询是否可以获得赔偿，以减轻经济损失。

五、加强内部管理并预防未来风险

1. 完善财务管理制度：加强财务审核流程，确保每笔款项打出都有明确理由和依据。同时，建立严格的款项交接和审批制度，防止类似事件再次发生。

2. 优化人事管理制度：加强对员工离职的管理和约束，明确离职程序及责任追究机制。在员工离职时，进行必要的离职审计和交接工作，确保公司资产的安全。

3. 定期培训与教育：对员工进行法律和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业操守。通过培训，增强员工对违法行为的警觉性，减少类似事件的发生。

在整个过程中，寻求专业律师的支持和建议至关重要。律师将能够提供专业的法律意见，帮助公司制定合适的应对策略，并在必要时代表公司参与法律程序。通过迅速而有序地采取行动，公司可以有效维护自身权益并降低损失。