公司按5500基数为月工资10000的员工缴纳社保，通常不合法。以下从不同角度进行分析：

1. 社保缴费基数的确定原则
   根据《社会保险法》及地方规定，社保缴费基数应为员工上年度月平均工资性收入（包括基本工资、奖金、津贴等货币性收入）。若员工月工资明确为10000元，公司应以此为基数申报社保。若公司擅自降低基数至5500元，属于未足额缴纳社保，违反法律规定。

2. 缴费基数的上下限限制
   社保缴费基数需符合当地社保部门公布的上下限标准（通常为社平工资的60%-300%）。若5500元低于当地下限，公司应按下限缴纳；若5500元在下限与10000元之间，公司应按实际工资10000元缴纳；若10000元高于当地上限，则按上限缴纳。若当地下限低于5500元，公司仍按5500元缴纳而未按实际工资10000元缴纳，则违法。

3. 员工权益与维权途径

• 权益受损：社保缴费基数直接影响养老金、医保报销、失业金等待遇。基数降低会导致员工未来权益受损。
  
• 维权方式：员工可向当地社保部门投诉（如社保中心稽核科），要求公司补缴差额。投诉时需提供劳动合同、工资流水等证据。
  
• 法律后果：公司可能面临补缴社保、滞纳金，甚至行政处罚（如罚款）。若因未足额缴纳导致员工损失，公司还需承担赔偿责任。

1. 特殊情形说明
   若公司能证明员工工资结构中包含非持续性收入（如一次性奖金、提成等），且双方约定以部分工资作为缴费基数，可能存在合法空间。但此类约定需符合地方政策，且不得低于当地下限。实践中此类情形极少，公司需承担举证责任。

建议：若您遇到此类情况，可先与公司协商要求按实际工资缴纳；协商无果的，及时向社保部门投诉或通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询社保合规、劳动争议等问题。