结论：甲方在合同中约定承担乙方的差费及住宿费用后，是否可以税务列支，需根据费用性质及税务法规的具体规定来判断。一般来说，若这些费用属于甲方正常的经营支出且符合税务法规的列支条件，甲方是可以进行税务列支的。
分析：
费用性质判断：
- 差费和住宿费用，若是为了甲方的业务需要而产生的，比如乙方为甲方提供服务或执行任务时产生的相关费用，那么这些费用通常被视为甲方的经营支出。
- 若这些费用与甲方的业务无直接关联，或者属于乙方个人的消费，那么甲方可能无法将其作为经营支出进行税务列支。
税务法规规定：
- 根据税务法规，企业发生的与取得收入直接相关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。
- 对于差费和住宿费用，若它们是为了甲方的业务需要而产生的，且符合税务法规的合理性、相关性原则，那么甲方可以在计算应纳税所得额时将其扣除，即进行税务列支。
实际操作建议：
- 甲方在签订合同时，应明确约定差费和住宿费用的承担方式及标准，并保留好相关凭证，如发票、收据等，以便在税务申报时提供证明。
- 甲方在进行税务列支时，应确保这些费用符合税务法规的规定，避免将个人消费或与业务无关的费用进行列支，以免引发税务风险。
可能的风险与后果：
- 若甲方将不符合税务法规规定的费用进行税务列支，可能会面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
- 严重的税务违规行为还可能影响甲方的信用记录，对甲方的经营和发展产生不利影响。
进一步建议：
- 甲方在进行税务列支前，应咨询专业的税务顾问或律师，确保这些费用符合税务法规的规定。
- 甲方应定期对自身的税务情况进行自查，及时发现并纠正可能存在的税务问题。
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