公司以岗位工资计算加班费是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中明确且合法地约定了加班费的计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，同时不违反法律、法规的强制性规定，那么公司可以按照该约定来计算加班费。这里的“工资”应理解为用人单位直接支付给劳动者的劳动报酬总额，通常包含岗位工资以及其他属于工资范畴的部分，如绩效奖金、各类补贴等。但若约定仅以岗位工资为计算基数，且该约定不违反法律法规，同时劳动者在签订合同时对此无异议，那么在司法实践中，可能会认可按照该约定来计算加班费。不过，这种约定需确保劳动者在正常工作时间内能够获得与其劳动价值相匹配的报酬，不能畸低于劳动者正常工作时间工资标准。
工资结构特殊且约定明确：
- 在某些情况下，劳动者的工资结构可能较为特殊，如岗位工资占比较大，而其他组成部分较少。如果劳动合同中明确约定了以岗位工资作为加班费计算基数，并且该约定符合法律法规的规定，同时劳动者对此表示认可，那么公司按照岗位工资计算加班费也是合法的。
二、不合法情形
劳动合同未约定或约定不明确：
- 如果劳动合同中没有明确约定加班费的计算基数，或者约定不明确，那么公司应依法合理计算加班费。根据《关于工资总额组成的规定》以及原劳动部《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》，加班费的计算基数应包含劳动者的全部劳动报酬，而不仅仅是岗位工资。因此，在这种情况下，公司仅以岗位工资计算加班费是不合法的。
约定低于法定标准：
- 即使劳动合同中有关于加班费计算基数的约定，但如果该约定低于当地最低工资标准，或者畸低于劳动者正常工作时间工资标准，那么该约定也是无效的。公司应按照法律法规的规定，以劳动者的实际工资（扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）作为计算基数来支付加班费。
三、实例说明
假设员工小张的月工资总额为8000元，其中岗位工资6000元，绩效奖金1500元，各类补贴500元。如果公司在计算加班费时仅考虑岗位工资6000元，而忽略了绩效奖金和补贴部分，那么这将低于法定标准，损害了小张的合法权益。正确的做法应该是以8000元为基数来计算加班费。
四、劳动者权益保护
如果公司存在加班费计算不当的情况，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
- 与公司协商：首先尝试与公司进行协商，要求其按照正确的计算基数支付加班费。
- 投诉举报：若协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，由相关部门责令公司改正并支付相应费用。
- 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁，通过法律途径要求公司补足加班费差额。
温馨提示：劳动者在维权过程中应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、加班记录等，以便证明自己的主张。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。