以基本工资计算加班费并不总是合法的，具体是否合法需根据劳动合同的约定以及实际工资情况来确定。以下是对这一问题的详细分析：

法律规定与加班费计算基数

1. 有约定从约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，如果劳动合同中明确约定了工资数额，且该约定不低于当地最低工资标准，应以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。若劳动合同中工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应将这些项目的总和作为加班费计算基数，而非单独以“基本工资”作为计算依据。

2. 无约定按实际：

   • 当劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确时，应以实际工资作为计算基数。实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的所有报酬，如工资、奖金、津贴、补贴等（需扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）。

加班费支付标准

• 延长工作时间：用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
• 休息日工作：用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。
• 法定休假日工作：用人单位安排劳动者在法定休假节日工作的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

实际操作中的合理性与不合理性

1. 合理方面：

   • 对于工资结构简单、主要以基本工资为主的岗位，如果劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律规定，按基本工资计算加班费可能相对简便易行。

2. 不合理方面：

   • 对于工资结构复杂、包含多种津贴、补贴、绩效工资等项目的员工来说，仅按基本工资计算加班费会显著减少其应得的加班费，损害其经济利益。这种情况下，应按实际工资总额作为计算基数。
   • 如果劳动合同中约定的基本工资明显低于劳动者正常工作时间的实际工资水平，或企业未经协商一致单方面决定按基本工资计算加班费，这些做法可能损害劳动者的合法权益，被视为不合理且可能违法。

劳动者权益保障建议

• 如果劳动者认为按基本工资计算加班费不合理，应首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求按照法律规定或合理的方式重新确定加班费计算基数。
• 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如劳动合同、工资单、加班记录等，以证明自己的主张。

举例说明：

假设某员工的月工资由基本工资3000元、岗位津贴1000元和绩效工资2000元组成。如果劳动合同中未明确约定加班费计算基数，那么该员工的加班费计算基数应为基本工资与岗位津贴之和，即4000元，而非单独的基本工资3000元。如果用人单位仅按基本工资3000元计算加班费，则可能损害该员工的合法权益。

综上所述，加班费的计算应综合考虑劳动合同约定、实际工资情况以及法律规定的支付标准。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您在劳动工伤领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。