针对您提出的“甲方签字盖章的签证单甲方委托的第三方不认该怎么办”的问题，这确实是一个涉及举证责任和代理行为认可的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确几个关键点：
签证单的法律效力：签证单作为双方交易或合作的书面记录，一旦甲方签字盖章，通常具有法律效力。它证明了双方就特定事项达成了一致意见。
第三方不认可的情况：当甲方委托的第三方不认可这份签证单时，可能的原因有多种，包括但不限于对签证单内容的误解、对甲方授权范围的质疑，或是第三方自身的利益考量。
接下来，我们分析应对策略：
一、确认签证单的真实性和合法性
- 您需要确保签证单上的甲方签字和盖章是真实有效的，没有伪造或篡改的痕迹。
- 如果可能，您可以要求甲方提供签字盖章的原始文件或进行笔迹鉴定，以证明签证单的真实性。
二、明确甲方的授权范围
- 检查甲方与第三方之间的委托协议或授权书，确认甲方是否明确授权第三方处理与签证单相关的事宜。
- 如果授权范围不明确或存在争议，您可能需要与甲方和第三方进行进一步沟通，以明确各方的权利和义务。
三、举证责任的分配
- 根据“谁主张、谁举证”的原则，如果您主张签证单具有法律效力并要求第三方认可，那么您需要承担举证责任，证明签证单的真实性和合法性。
- 如果第三方对签证单上的签字或盖章提出异议，但无法提供足以反驳的相反证据，根据相关法律规定，法院可能会确认签证单的证明力。然而，这通常需要您主动申请笔迹鉴定或提供其他证据来支持您的主张。
四、法律途径解决
- 如果与第三方沟通无果，您可以考虑通过法律途径解决争议。这可能包括起诉第三方要求其认可签证单或承担相应的法律责任。
- 在起诉前，建议您咨询专业律师，评估案件的胜诉可能性和相关法律风险。
五、预防措施
- 为了避免类似情况的发生，建议您在未来的交易或合作中，更加谨慎地处理签证单等书面文件。确保所有文件都经过双方充分协商并明确各自的权利和义务。
- 同时，您可以考虑在委托协议或授权书中明确约定第三方对签证单等文件的认可义务和违约责任，以增加法律保障。
综上所述，当甲方签字盖章的签证单被甲方委托的第三方不认可时，您需要首先确认签证单的真实性和合法性，明确甲方的授权范围，并根据举证责任分配的原则积极举证。如果沟通无果，可以考虑通过法律途径解决争议。同时，为了预防类似情况的发生，建议您在未来加强书面文件的处理和管理。