结论前置：针对上司用发工资形式还钱四千多这一情况，需分情况处理，核心在于明确款项性质、保留证据并合法维权，具体如下：

1. 若双方明确约定该款项为还款
   若您与上司此前存在借贷关系，且双方明确约定通过工资形式偿还4000余元借款（例如书面协议、聊天记录中确认“本月工资中扣除4000元还借款”），则该行为本质是债务履行方式的约定。此时需注意：

   • 证据保留：务必保存借款合同、转账记录、聊天记录等证明借贷关系存在的证据，以及双方约定还款方式的证据（如微信、邮件中明确“工资代扣还款”的内容）。
     
   • 工资合规性：若该款项从工资中扣除，需确保扣除后您的实发工资不低于当地最低工资标准（根据《劳动法》第48条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准）。若扣除后工资低于最低标准，您有权要求用人单位补足差额。
     
   • 税务合规性：若该款项被计入工资总额并代扣代缴个税，需确认是否与实际还款金额一致。若多扣个税，可要求用人单位退还或向税务部门投诉。

2. 若双方未明确约定款项性质，或上司否认是还款
   若上司未明确表示该款项为还款（例如仅发放4000元工资，未说明用途），或事后否认是还款，则可能涉及以下法律风险：

   • 劳动争议风险：若该款项被认定为工资，但您主张是还款，需提供证据证明借贷关系存在（如借条、转账记录等）。若无法证明，可能被认定为工资纠纷，需通过劳动仲裁解决。
     
   • 不当得利风险：若您无法证明该款项是还款，且上司主张是误发或多发工资，可能被要求返还。此时您需反证款项性质（如提供借贷证据），否则可能承担返还义务。
     
   • 建议行动：立即通过书面形式（如微信、邮件）与上司确认款项性质（例如：“XX总，本月工资中发放的4000元是偿还我之前借您的款项，对吗？”），并保留确认记录。若上司拒绝确认或否认，需尽快收集借贷证据并咨询法律意见。

3. 若涉及用人单位直接代扣还款（未经您同意）
   根据《工资支付暂行规定》第15条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非因劳动者原因给用人单位造成经济损失（需按合同约定扣除）或经劳动者本人同意。若上司未经您同意，直接从工资中扣除4000元还款，属于违法克扣工资，您可：

   • 要求用人单位出具书面扣除依据：若无法提供，可主张全额支付工资并要求赔偿。
     
   • 向劳动监察部门投诉：携带工资条、银行流水、劳动合同等证据，向当地劳动保障监察大队举报。
     
   • 申请劳动仲裁：若投诉无果，可申请仲裁要求用人单位支付被扣工资及经济补偿金。

温馨提示：法律纠纷的核心是证据，无论哪种情况，请务必保留所有与款项相关的书面记录（合同、聊天记录、转账凭证等）。若情况复杂或涉及金额较大，建议直接向我咨询，我会根据具体证据为您制定维权方案。