结论前置：基本工时不够扣加班工时这一做法，在大多数情况下是不合法的，但具体还需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
一、从劳动合同和公司规章制度的角度分析
劳动合同的约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了加班工时的计算方式和扣除规则，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照合同约定执行。但通常而言，劳动合同不会约定以基本工时来抵扣加班工时，因为这违背了加班工时的本质和目的。
公司规章制度：
- 公司规章制度是用人单位为了组织和管理劳动过程而制定的内部规范。如果公司规章制度中有关于加班工时扣除的明确规定，且该规定已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且不违反法律法规的强制性规定，那么该规定对劳动者具有约束力。然而，以基本工时不够来扣除加班工时的做法，很可能因违反劳动法的公平、合理原则而被认定为无效。
二、从法律法规的角度分析
《劳动法》的相关规定：
- 根据《劳动法》的规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。加班费是劳动者因加班而获得的额外报酬，其计算方式通常与加班时长和劳动者的工资水平相关。法律并未规定可以用基本工时来抵扣加班工时。
加班工时的本质：
- 加班工时是劳动者在正常工作时间之外为用人单位提供的劳动时间。其本质是劳动者对用人单位的额外贡献，应当得到相应的报酬。如果以基本工时不够来扣除加班工时，实际上是在剥夺劳动者应得的加班费，这违背了劳动法的立法目的和原则。
三、特殊情况下的考虑
- 虽然以基本工时不够来扣除加班工时的做法在大多数情况下是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者与用人单位在劳动合同或公司规章制度中明确约定了某种形式的“工时抵扣”机制，且该机制不违反法律法规的强制性规定，那么双方可以按照约定执行。但这种情况较为罕见，且需要严格的合同条款和规章制度来支持。
四、法律建议
- 对于劳动者：如果发现用人单位存在以基本工时不够来扣除加班工时的做法，可以先与用人单位进行协商，要求其按照法律法规和劳动合同的约定支付加班费。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应当严格遵守法律法规和劳动合同的约定，合理安排劳动者的工作时间和休息时间，确保劳动者的合法权益得到保障。如果确实需要劳动者加班，应当按照国家有关规定支付加班费，避免引发劳动纠纷。
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