结论：月薪20000，加班基数5000是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。

分析说明：

1. 加班基数的确定原则：

   • 根据相关法律法规，加班工资的计算基数通常应以劳动者正常工作时间工资为标准。这个正常工作时间工资，一般是指劳动合同中约定的工资，或者用人单位实际支付的工资中，扣除加班工资、奖金、津贴和福利等后的部分。
   • 如果劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数，且该基数不低于当地最低工资标准，那么通常认为这个约定是有效的。

2. 月薪与加班基数的关系：

   • 在您的情况下，月薪20000元，而加班基数为5000元。这并不意味着这种设定一定违法，关键在于这5000元是否作为正常工作时间的工资，并且是否符合劳动合同的约定以及当地法律法规的规定。
   • 如果5000元是作为正常工作时间的工资，并且劳动合同中明确约定了以此为加班工资的计算基数，同时这个基数不低于当地最低工资标准，那么这种设定是合法的。
   • 如果5000元并非正常工作时间的工资，或者劳动合同中没有明确约定以此为加班工资的计算基数，或者这个基数低于当地最低工资标准，那么这种设定可能是违法的。

3. 可能的法律后果：

   • 如果用人单位设定的加班基数违法，劳动者有权要求用人单位按照法律法规的规定支付加班工资。
   • 在极端情况下，如果用人单位的违法行为严重损害了劳动者的权益，劳动者还可以向劳动监察部门投诉，甚至提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。

建议：

• 如果您对加班基数的设定有疑问，首先应查看劳动合同中的相关约定。
• 如果劳动合同中没有明确约定，或者您认为约定不合法，可以向用人单位提出质疑，并要求其按照法律法规的规定支付加班工资。
• 如果与用人单位协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁或诉讼来维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 不同地区的法律法规可能有所不同，因此在处理此类问题时，最好先了解当地的具体规定。
• 加班工资的计算涉及多个因素，包括加班时间、加班工资的计算基数等，因此在计算时务必准确无误。

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