针对员工扣押公司资料这一问题，我们需要从法律、程序以及实际操作三个层面来详细分析和处理。
法律层面
首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位（在此情境下，可理解为资料被扣押的公司）若扣押劳动者（即扣押资料的员工，若其身份仍为公司员工）的档案或其他物品，是违法的行为。劳动行政部门有权责令限期退还，并可能依照有关法律规定给予处罚。若员工扣押资料的行为给公司造成了损害，员工还应当承担赔偿责任。
程序层面
若公司发现员工扣押了公司资料，应采取以下步骤：
沟通协商：
- 尝试与员工进行沟通，了解其扣押资料的原因和动机。
- 明确告知员工扣押公司资料是违法行为，并要求其立即归还。
内部处理：
- 若沟通无果，公司可根据内部规章制度对员工进行纪律处分，如警告、记过、解雇等。
- 在处理过程中，应确保程序公正、透明，并保留相关证据。
法律途径：
- 若员工仍拒绝归还资料，公司可向劳动行政部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 劳动行政部门在受理投诉后，会进行立案、调查、审查等程序，并可能作出行政处罚决定。
- 若员工的行为构成犯罪（如盗窃、侵占等），公司还可向公安机关报案，追究其刑事责任。
实际操作层面
在处理员工扣押公司资料的问题时，公司还应注意以下几点：
保护证据：
- 在发现员工扣押资料后，应立即收集并保存相关证据，如监控录像、证人证言、书面记录等。
- 这些证据将有助于公司在后续的法律程序中证明员工的违法行为。
加强管理：
- 公司应加强对资料的管理和保护，防止类似事件再次发生。
- 可考虑对重要资料进行加密、备份或设置访问权限等措施。
培训与教育：
- 定期对员工进行法律知识和职业道德培训，提高其法律意识和职业素养。
- 强调扣押公司资料的严重性和后果，引导员工遵守公司规章制度和法律法规。
综上所述，处理员工扣押公司资料的问题需要公司从法律、程序和实际操作三个层面进行综合考虑和应对。通过沟通协商、内部处理、法律途径以及加强管理和培训等措施，公司可以有效解决这一问题并防止类似事件的再次发生。