占用农业用地盖厂房是违法行为，将面临一系列严重的法律后果。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律后果
行政处罚：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
- 对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可处以罚款。罚款幅度一般按照非法占用土地每平方米100元以上1000元以下计算，具体标准由各地依据相关法规确定。
- 对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
刑事处罚：
- 如果非法占用耕地数量较大，造成耕地大量毁坏，可能触犯《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪。
- 非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上，且造成耕地大量毁坏的，将被追究刑事责任，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
二、具体影响
经济损失：
- 厂房被责令拆除，投资者将面临前期投入的建设资金、设备购置资金等无法收回的风险，导致重大经济损失。
- 如果因非法占用土地给农民造成损失，租用方可能需要承担相应的赔偿责任，包括农民的直接经济损失和间接损失（如土地恢复费用）。
社会影响：
- 耕地被占用建厂会破坏原有的农业生产条件和生态环境，影响农业生产的可持续发展，损害农民的长远利益。
- 此类行为若不加以制止，可能引发效仿效应，严重扰乱土地管理秩序，破坏农村土地利用的正常格局。
三、合法建议
遵守法律法规：
- 在进行任何涉及土地使用的活动之前，务必了解并遵守相关法律法规，确保土地使用合法合规。
- 不要试图通过非法手段改变土地用途，以免面临严重的法律后果。
申请审批手续：
- 如需建设工厂或其他设施，应按照法定程序申请建设用地，并获得相关部门的批准和许可。
- 在申请过程中，提供真实、准确的资料和信息，配合相关部门的调查和审核工作。
处理已存在的违法情况：
- 如果已经存在非法占用农业用地盖厂房的情况，应立即停止违法行为，并主动接受相关部门的处理。
- 积极配合相关部门的调查和整改工作，争取减轻或免除法律责任。
总结来说，占用农业用地盖厂房是严重的违法行为，不仅面临行政处罚和刑事处罚的风险，还会造成经济损失和社会影响。因此，务必遵守相关法律法规和政策文件的规定，依法依规进行建设活动。如果您有任何关于房产问题（农村土地/宅基地）的法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。