人社部门不能仅因未存储农民工工资保证金就直接下达停工令，但可依据相关法规采取一系列措施，在特定情形下间接促使工程停工整改。具体分析如下：

一、人社部门对未存储农民工工资保证金的直接处理权限

根据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。若单位未存储，人社部门可采取以下措施：

1. 责令限期改正：人社部门会先要求施工单位在指定期限内补存工资保证金，这是最直接的行政指令。
2. 行政处罚：若逾期未改正，人社部门可处5万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，可给予限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。

但需注意：人社部门并无直接下达“停工令”的法定权限，其行政手段主要围绕“改正+处罚”展开。

二、人社部门可联合其他部门间接促使停工的情形

若未存储工资保证金且存在拖欠农民工工资行为，人社部门可依据《保障农民工工资支付条例》第四十二条，联合行业工程建设主管部门采取以下措施：

1. 限制施工活动：行业主管部门（如住建部门）可根据人社部门的通报，责令项目停工整改，直至拖欠工资问题解决。
2. 信用惩戒：将施工单位列入拖欠农民工工资失信联合惩戒对象名单，限制其参与招投标、政府采购等活动，间接影响工程进度。

关键点：停工的直接依据通常是“拖欠工资+未改正”，而非单纯未存储保证金；人社部门需通过联合执法或信息共享机制推动停工。

三、施工单位的应对建议

1. 主动补存保证金：收到整改通知后，应立即按要求补存，避免处罚升级。
2. 配合调查拖欠问题：若存在拖欠工资，需与农民工协商支付方案，或通过劳动仲裁、诉讼解决争议。
3. 申请行政复议或诉讼：若认为人社部门处罚不当，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

温馨提示：农民工工资保证金是保障劳动者权益的重要制度，施工单位应严格遵守。若您是施工单位负责人，对保证金存储、处罚程序或停工整改有疑问，可直接向我咨询具体操作流程；若您是农民工，遇到工资拖欠问题，也可向我说明情况，我会为您分析维权路径。