农民工工资保证金实行差异化存储办法，具体存储比例、存储形式、减免措施由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定。以下是详细分析：

一. 农民工工资保证金的存储

• 根据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，施工总承包单位应当按照有关规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。
• 工资保证金实行差异化存储办法，即根据施工总承包单位是否发生工资拖欠等情况，确定不同的存储比例。对一定时期内未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生工资拖欠的单位则适当提高存储比例。

二. 工资保证金的替代方式

• 同样依据《保障农民工工资支付条例》第三十二条，工资保证金可以用金融机构保函替代，这为施工总承包单位提供了更多的选择。

三. 工资保证金的具体办法制定

• 工资保证金的存储比例、存储形式、减免措施等具体办法，并非由施工总承包单位自行决定，而是由国务院人力资源社会保障行政部门会同有关部门制定，确保了规定的统一性和权威性。

四. 违反存储规定的法律责任

• 根据《保障农民工工资支付条例》第五十五条，如果施工总承包单位未按规定存储工资保证金或者未提供金融机构保函，将面临责令限期改正、罚款、项目停工，甚至限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。

综上所述，农民工工资保证金的存储规定是严格且具体的，旨在保障农民工的合法权益，确保他们被拖欠的工资能够得到及时支付。如有进一步需要，您可以继续咨询我。